Informace o projektu

Zpřesnění molekulárně mechanických potenciálů léčivům podobných molekul metodou property map

Logo poskytovatele
Kód projektu
GA19-16857S
Období řešení
1/2019 - 12/2021
Investor / Programový rámec / typ projektu
Grantová agentura ČR
Fakulta / Pracoviště MU
Ústav výpočetní techniky
Klíčová slova
molekulární mechanika;silové pole;vývoj ligandů;simulace molekulové dynamiky;metadynamika
Spolupracující organizace
Vysoká škola chemicko-technologická v Praze

Simulace molekulové dynamiky má značné možnosti uplatnění při vývoji léčiv a v dalších aplikovaných oborech. Komplikací pro rutinní využívání této metody je její výpočetní náročnost a nedostatečná přesnost molekulárně mechanických potenciálů, zvláště pak pro obecné organické molekuly, mezi nimiž jsou hledána nová léčiva. Pro zpřesnění těchto potenciálů navrhujeme přístup, který je inspirován výsledky, které jsme získali při vývoji nových simulačních technik. Přístup zahrnuje výběr referenčních konformací molekuly, přesný výpočet jejich energií a korekci molekulárně mechanického potenciálu s použitím těchto referenčních konformací. Celý postup je možné automatizovat a tak získat zpřesněné molekulárně mechanické potenciály pro velký počet molekul.