2020

• Composite 5-methylations of cytosines modulate i-motif stability in a sequence-specific manner: Implications for DNA nanotechnology and epigenetic regulation of plant telomeric DNA

  ŠKOLÁKOVÁ Petra BADRI Zahra TRANTÍRKOVÁ Silvie RYNEŠ Jan ŠPONER Jiří FOJTOVÁ Miloslava FAJKUS Jiří MAREK Radek VORLÍČKOVÁ Michaela MERGNY Jean-Louis TRANTÍREK Lukáš

  Článek v odborném periodiku

  BBA - General Subjects, rok: 2020, ročník: 1864, vydání: 9, DOI

2019

• Atomic Details on Protein-Protein Recognition - Role of Side Chain Dynamics in Binding Between HP1 and H3 Proteins

  POKORNÁ Pavlína ŠPONER Jiří KREPL Miroslav BÁRTOVÁ Eva

  Další prezentace na konferencích

  Rok: 2019, druh: Další prezentace na konferencích

• ATOMISTIC DETAILS ON DYNAMICS OF HISTONE H3 RECOGNITION BY HP1 CSD

  POKORNÁ Pavlína KREPL Miroslav ŠPONER Jiří

  Konferenční abstrakty

  Rok: 2019, druh: Konferenční abstrakty

• DNA Damage Changes Distribution Pattern and Levels of HP1 Protein Isoforms in the Nucleolus and Increases Phosphorylation of HP1 beta-Ser88

  LEGARTOVÁ Sofia LOCHMANOVÁ Gabriela ZDRÁHAL Zbyněk KOZUBEK Stanislav ŠPONER Jiří KREPL Miroslav POKORNÁ Pavlína BÁRTOVÁ Eva

  Článek v odborném periodiku

  CELLS, rok: 2019, ročník: 8, vydání: 9, DOI

• Parallel G-triplexes and G-hairpins as potential transitory ensembles in the folding of parallel-stranded DNA G-Quadruplexes

  STADLBAUER P. KUHROVA P. VICHEREK Lukáš BANAS P. OTYEPKA M. TRANTÍREK Lukáš ŠPONER Jiří

  Článek v odborném periodiku

  Nucleic acids research, rok: 2019, ročník: 47, vydání: 14, DOI

• Prebiotic synthesis initiated in formaldehyde by laser plasma simulating high-velocity impacts

  FERUS M. PIETRUCCI F. SAITTA A.M. IVANEK O. KNIZEK A. KUBELIK P. KRUS M. JUHA L. DUDZAK R. DOSTAL J. PASTOREK A. PETERA L. HRNCIROVA J. SAEIDFIROZEH H. SHESTIVSKA V. ŠPONER Jiří SPONER J.E. RIMMER P. CIVIS S. CASSONE G.

  Článek v odborném periodiku

  ASTRONOMY & ASTROPHYSICS, rok: 2019, ročník: 626, vydání: JUN, DOI

• Revisiting the Potential Energy Surface of the Stacked Cytosine Dimer: FNO-CCSD(T) Interaction Energies, SAPT Decompositions, and Benchmarking

  KRUSE H. ŠPONER Jiří

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Physical Chemistry A, rok: 2019, ročník: 123, vydání: 42, DOI

• Role of Fine Structural Dynamics in Recognition of Histone H3 by HP1 gamma(CSD) Dimer and Ability of Force Fields to Describe Their Interaction Network

  POKORNÁ Pavlína KREPL Miroslav BARTOVA E. ŠPONER Jiří

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Chemical Theory and Computation, rok: 2019, ročník: 15, vydání: 10, DOI

2018

• QM/MM Calculations on Protein-RNA Complexes: Understanding Limitations of Classical MD Simulations and Search for Reliable Cost-Effective QM Methods

  POKORNÁ Pavlína KRUSE Holger KREPL Miroslav ŠPONER Jiří

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Chemical Theory and Computation, rok: 2018, ročník: 14, vydání: 10, DOI

2017

• A prebiotically plausible synthesis of pyrimidine beta-ribonucleosides and their phosphate derivatives involving photoanomerization

  XU Jianfeng TSANAKOPOULOU Maria MAGNANI Christopher J. SZABLA Rafal ŠPONEROVÁ Judit ŠPONER Jiří GORA Robert W. SUTHERLAND John D.

  Článek v odborném periodiku

  Nature chemistry, rok: 2017, ročník: 9, vydání: 4, DOI