2019

• Atomic Details on Protein-Protein Recognition - Role of Side Chain Dynamics in Binding Between HP1 and H3 Proteins

  POKORNÁ Pavlína ŠPONER Jiří KREPL Miroslav BÁRTOVÁ Eva

  Další prezentace na konferencích

  Rok: 2019, druh: Další prezentace na konferencích

• ATOMISTIC DETAILS ON DYNAMICS OF HISTONE H3 RECOGNITION BY HP1 CSD

  POKORNÁ Pavlína KREPL Miroslav ŠPONER Jiří

  Konferenční abstrakty

  Rok: 2019, druh: Konferenční abstrakty

• Role of Fine Structural Dynamics in Recognition of Histone H3 by HP1gamma(CSD) Dimer and Ability of Force Fields to Describe Their Interaction Network

  POKORNÁ Pavlína KREPL Miroslav BÁRTOVÁ Eva ŠPONER Jiří

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Chemical Theory and Computation, rok: 2019, DOI

2018

• QM/MM Calculations on Protein-RNA Complexes: Understanding Limitations of Classical MD Simulations and Search for Reliable Cost-Effective QM Methods

  POKORNÁ Pavlína KRUSE Holger KREPL Miroslav ŠPONER Jiří

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Chemical Theory and Computation, rok: 2018, ročník: 14, vydání: 10, DOI

2017

• A prebiotically plausible synthesis of pyrimidine beta-ribonucleosides and their phosphate derivatives involving photoanomerization

  XU Jianfeng TSANAKOPOULOU Maria MAGNANI Christopher J. SZABLA Rafal ŠPONEROVÁ Judit ŠPONER Jiří GORA Robert W. SUTHERLAND John D.

  Článek v odborném periodiku

  Nature chemistry, rok: 2017, ročník: 9, vydání: 4, DOI

• Aromatic side-chain conformational switch on the surface of the RNA Recognition Motif enables RNA discrimination

  DIARRA DIT KONTÉ Nana KREPL Miroslav DAMBERGER Fred RIPPIN N DUSS O ŠPONER Jiří FRÉDÉRIC Allain

  Článek v odborném periodiku

  NATURE COMMUNICATIONS, rok: 2017, ročník: 8, DOI

• Coordination between the polymerase and RNase H activity of HIV-1 reverse transcriptase

  FIGIEL M KREPL Miroslav POZNANSKI J GOTAB A ŠPONER Jiří NOWOTNY Marcin

  Článek v odborném periodiku

  Nucleic Acids Research, rok: 2017, ročník: 45, vydání: 6, DOI

• Effect of Monovalent Ion Parameters on Molecular Dynamics Simulations of G-Quadruplexes

  HAVRILA Marek STADLBAUER P. ISLAM B. OTYEPKA M. ŠPONER Jiří

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Chemical Theory and Computation, rok: 2017, ročník: 13, vydání: 8, DOI

• Exploring the Dynamics of Propeller Loops in Human Telomeric DNA Quadruplexes Using Atomistic Simulations

  ISLAM Barira STADLBAUER Petr GIL-LEY Alejandro PEREZ-HERNANDEZ Guillermo HAIDER Shozeb NEIDLE Stephen BUSSI Giovanni BANAS Pavel OTYEPKA Michal ŠPONER Jiří

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Chemical Theory and Computation, rok: 2017, DOI

• Folding of guanine quadruplex molecules-funnel-like mechanism or kinetic partitioning? An overview from MD simulation studies.

  ŠPONER Jiří BUSSI Giovanni STADLBAUER Petr KUHROVA Petra BANÁŠ Pavel ISLAM Barira HAIDER Shozeb NEIDLE Stephen OTYEPKA Michal

  Článek v odborném periodiku

  Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - General Subjects, rok: 2017, ročník: 1861, vydání: 5, DOI