Univerzita dostala své jméno po zakladateli T. G. Masarykovi, pro kterého se boj o českou univerzitu stal jedním z velkých témat života. Masaryk si uvědomoval, že pražská univerzita potřebuje pro svůj další vývoj konkurenta, a zároveň spojence, který jí bude pomáhat v jejím poslání.

Prvním rektorem Masarykovy univerzity byl Karel Engliš – národohospodář, politik, filozof a jeden ze zakládajících profesorů právnické fakulty v Brně. Působil jako poslanec Národního shromáždění, byl ministrem financí v šesti vládách a později stál v čele Národní banky československé.

Světoznámý hudební skladatel se roku 1925 stal prvním čestným doktorem univerzity. Svůj vřelý vztah k univerzitě dokázal svými díly, která podpořila boj za její zřízení a oslavila položení základního kamene budovy právnické fakulty. Filozofická fakulta MU se stala strážkyní Janáčkova uměleckého odkazu a držitelem autorských práv k jeho hudební a literární tvorbě.

Edward Babák do Brna přešel v roce 1919 – tehdy jako jediný řádný profesor UK. Na MU postupně působil jako profesor, proděkan a děkan lékařské fakulty. Později se stal také rektorem celé univerzity. Babák byl klíčovou osobností nejen při založení MU, ale také Vysoké školy zvěrolékařské a Vysoké školy zemědělské. Ve světě je známý svými výzkumy fyziologie dýchání.

Fyziolog, průkopník endokrinologie a biochemik Vilém Laufberger působil na MU jako docent a profesor patologické fyziologie. Byl děkanem brněnské i pražské lékařské fakulty, pracoval v ústavech ČSAV, na jejímž vzniku se podílel. Díky jeho práci rozumíme účinku inzulinu a víme o existenci feritinu.

Jméno rektora a profesora Arne Nováka nese i ulice, ve které najdete zázemí filozofické fakulty. Práci tohoto literárního vědce, kritika a syna spisovatelky Terézy Novákové oceňujeme například při pročítání monumentálních Přehledných dějin literatury české. V meziválečném období se také výrazně podílel na tvorbě Lidových novin.

MU je hrdá také na svého čestného doktora, mimořádného profesora a ředitele semináře pro slovanskou filologii R. O. Jakobsona, který na filozofické fakultě působil v meziválečném období. Světově proslulý lingvista, historik literatury a sémiotik ruského původu působil také na Harvardské a Columbijské univerzitě a byl spoluzakladatelem Pražského lingvistického kroužku. 

Prvním děkanem právnické fakulty a také rektorem MU se stal profesor ústavního práva, právní filozof a statistik František Weyr. Stál u zrodu normativní právní teorie a zasloužil se o vznik československé ústavy z roku 1920. V roce 1947 získal čestný doktorát MU.

Otakar Borůvka zasvětil Masarykově univerzitě většinu svého života. Dostudoval zde v roce 1922 a téměř 50 let tu nepřetržitě pracoval – jako asistent, docent a profesor. Na MU vytvořil moderní algebraickou školu, vybudoval základy brněnské školy diferenciálních rovnic a založil významný časopis Archivum Mathematicum.

Profesor Vladimír Úlehla vyučoval na Přírodovědecké fakultě MU a byl i jejím děkanem. Jeho jméno je spojováno s etnografií a ekologií, věnoval se výzkumu růstu, pohybu a dráždivosti rostlin.

Biofyzik, zakladatel a první ředitel Biofyzikálního ústavu ČSAV v Brně byl studentem Vladimíra Úlehly. Herčík se podílel na dosažení mezinárodní dohody o zákazu nadzemních pokusných jaderných výbuchů. Působil ve Vědeckém výboru OSN pro účinky atomového záření v New Yorku, byl také expertem a místopředsedou Rady guvernérů Mezinárodní agentury pro atomovou energii ve Vídni. Pracoval také jako expert Světové zdravotnické organizace v Ženevě pro radiobiologii.

Na přírodovědecké fakultě vyučoval také Josef Podpěra, přední moravský botanik. Na MU působil jako profesor a poté jako děkan fakulty a rektor, po smrti Arne Nováka stál v čele uzavřené univerzity až do roku 1942. Jeho nejslavnější prací je Květena Moravy ve vztazích systematických a geobotanických.

Bláha byl vůdčí osobností brněnské sociologické školy a od roku 1922 profesorem Filozofické fakulty MU. O 9 let později se stal jejím děkanem. Po válce inicioval vznik Vysoké školy sociální v Brně a byl jejím prvním rektorem. Založil Sociologickou revue, aktivně působil v Masarykově sociologické společnosti a Jednotě filozofické.

Profesor J. L. Fischer vyučoval filozofii a sociologii na filozofické fakultě a stal se i jejím děkanem. Na přelomu 20. a 30. let spoluredigoval Index, byl spoluzakladatelem Sociologické revue a přispíval do celé řady časopisů. Podílel se také na vzniku olomoucké Univerzity Palackého, kde byl prvním rektorem.