Informace o projektu
Informace o projektu
Úloha transposonů v dynamice rostlinných genomů
(TRANSPOSONY_DRG)
- Kód projektu
- GA18-00258S
- Období řešení
- 1/2018 - 12/2020
- Investor / Programový rámec / typ projektu
-
Grantová agentura ČR
- Standardní projekty
- Fakulta / Pracoviště MU
- Fakulta informatiky
- Spolupracující organizace
-
Biofyzikální ústav AV ČR, v. v. i.
- Odpovědná osoba doc. RNDr. Eduard Kejnovský, CSc.
Pomocí bioinformatiky i experimentálně budeme sledovat evoluční dynamiku transposonů, zajímavé strukturní rysy uvnitř transposonů, případný vliv těchto strukturních rysů na regulaci transposonů a také dopady transposonů na dynamiku genomů rostlin.
Publikace
Počet publikací: 6
2023
-
Analysis and classification of long terminal repeat sequences from plant LTR-retrotransposons
Workshop on Bioinformatics and Computational Biology (WBCB 2023), rok: 2023
2020
-
pqsfinder web: G-quadruplex prediction using optimized pqsfinder algorithm
Bioinformatics, rok: 2020, ročník: 36, vydání: 8, DOI
-
TE-greedy-nester: structure-based detection of LTR retrotransposons and their nesting
Bioinformatics, rok: 2020, ročník: 36, vydání: 20, DOI
-
What Can Long Terminal Repeats Tell Us About the Age of LTR Retrotransposons, Gene Conversion and Ectopic Recombination?
Frontiers in Plant Science, rok: 2020, ročník: 11, vydání: 644, DOI
2019
-
Nested plant LTR retrotransposons target specific regions of other elements, while all LTR retrotransposons often target palindromes and nucleosome-occupied regions: in silico study
Mobile DNA, rok: 2019, ročník: 10, vydání: 1, DOI
2018
-
TE-nester: a recursive software tool for structure-based discovery of nested transposable elements
Proceedings 2018 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM), rok: 2018