Informace o publikaci
The ways leading to identification of potential biomarkers in SELDI-TOF MS based proteomic studies
| Název česky | Způsoby identifikace potenciálních biomarkerů detekovaných v proteomických studiích na bázi SELDI-TOF MS |
|---|---|
| Autoři | |
| Rok publikování | 2008 |
| Druh | Článek ve sborníku |
| Konference | 8th Siena Meeting: From Genome To Proteome: Integration and Proteome Completion. |
| Fakulta / Pracoviště MU | |
| Citace | |
| Obor | Biochemie |
| Klíčová slova | SELDI-TOF MS; biomarkers; protein isolation and identification; mass spectrometry |
| Popis | SELDI-TOF MS je metoda proteinového profilování často používaná v klinické proteomice pro screening a vyhledávání biomarkerů. Naše úsilí v posledním roce bylo zaměřeno na identifikaci potenciálních markerových proteinů detekovaných v SELDI studicích potkaní plazmy a tkáně karcinomu prsu pomocí vysokorozlišovací hmotnostní spektrometrie. V rámci prezentace je srovnáván přínos následujících metod pro separaci a identifikaci proteinů: tricinová elektroforéza, dvourozměrná gelová elektroforéza, LC-MS/MS, FT-ICR a iTRAQ-2DLC-MS/MS pro identifikaci proteinů v SLEDI studiích. Na základě prezentovaných zkušeností jsme vyvinuli vlastní protokol zalkožený na kombinaci následujících metod: preseparace na IMAC kolonkách, reverzně fázová kapalinová chromatografie, SELDI profilování, tricinová elektroforéza a MS/MS identifikace proteinů. Pomocí tohoto přístupu jsme identifikovali několik proteinů potenciálně souvisejících s procesy vzniku a vývoje nádorů a účinku cytostatik. |