RNDr. David Wiesner, Ph.D.

Životopis

Identifikace osoby

• David Wiesner
  jazyky: čeština, angličtina

Pracoviště

• Centrum analýzy biomedicínského obrazu
  Fakulta informatiky
  Masarykova univerzita
  Botanická 68a
  602 00 Brno
  

Funkce na pracovišti

• PhD student

Vzdělání a akademická kvalifikace

• 2020: RNDr.; informatika, FI MU, Brno. Rogorózní práce: "Využití strojového učení v syntéze biomedicínského obrazu"
• 2018: Mgr.; informatika, FI MU, Brno. Diplomová práce: "Paralelizace obrazového simulátoru buněčných populací"
• 2012: Bc.; informatika, FI MU, Brno. Bakalářská práce: "Implementace výpočtu ideálních odezev filtrů optického toku na GPU"

Výzkumné projekty a granty

• 2020-nyní: práce na projektu MUNI/G/1446/2018: "Deciphering the mechanisms of mammary epithelial branched pattern formation through iterative biological and mathematical modelling"
• 2019: práce na projektu GA19-09323S: "Mimetic complexes and the evolution of inaccurate mimics"
• 2018: práce na projektu GJ16-03909Y: "Vývoj spolehlivých metod pro automatizovanou kvantitativní charakterizaci buněčné motility ve fluorescenční mikroskopii"
• 2018: práce na projektu LM2015062: "National research infrastructure for biological and medical imaging"

Pedagogická činnost

• 2019-nyní: Konzultace/vedení bakalářských a diplomových prací
• 2018-nyní: Výuka cvičení kurzů digitálního zpracování obrazu

Vědeckovýzkumná činnost

• strojové učení; syntéza obrazu; buněčné populace; modelování a simulace; optimalizace; paralelní a distribuované zpracování

Akademické stáže, studijní nebo pracovní pobyty

• 1. 9. 2021 – 30. 11. 2021: University of Twente, Enschede, NLD
  • Tříměsíční stáž na University of Twente, Nizozemí. Termín 1. září - 30. listopadu 2021. Náplň stáže: Pod vedením předních odborníků v oboru se budu věnovat výzkumu a vývoji metod hlubokého učení pro simulaci 3D časových sekvencí živých buněčných populací. Řešení tohoto tématu je stále otevřený problém díky výsoké dimenzionalitě dat a limitacím, které plynou z dostupné výpočetní kapacity soudobých počítačů. Kontrétně je záměrem prozkoumat možnosti nových přístupů hlubokého učení, jako jsou grafové neuronové sítě a mesh-based konvoluční sítě, pro vizuálně věrnou simulaci vývoje tvaru buňky v průběhu buněčného cyklu, spolu s pohybem, dělením a interakcemi mezi jednotlivými buňkami v populaci.

Vybrané publikace

• WIESNER, David, Julian SUK, Sven DUMMER, Tereza NEČASOVÁ, Ulman VLADIMÍR, David SVOBODA a Jelmer WOLTERINK. Generative modeling of living cells with SO(3)-equivariant implicit neural representations. Medical Image Analysis. Netherlands: Elsevier, 2024, roč. 2024, č. 91, s. 102991-103008. ISSN 1361-8415. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.media.2023.102991. URL info
• WIESNER, David a Julian SUK. Spatiotemporal cell surface generator. 2023. URL info
• WIESNER, David, Julian SUK, Sven DUMMER, David SVOBODA a Jelmer WOLTERINK. Implicit Neural Representations for Generative Modeling of Living Cell Shapes. Online. In Linwei Wang, Qi Dou, P. Thomas Fletcher, Stefanie Speidel, Shuo Li. International Conference on Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention. Switzerland: Springer Nature Switzerland, 2022, s. 58-67. ISBN 978-3-031-16439-2. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-031-16440-8_6. URL info
• ULMAN, Vladimír a David WIESNER. Review of cell image synthesis for image processing. In Ninon Burgos, David Svoboda. Biomedical Image Synthesis and Simulation - Methods and Applications. 1st ed. Neuveden: Elsevier, 2022, s. 447-489. The MICCAI Society book Series. ISBN 978-0-12-824349-7. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/B978-0-12-824349-7.00028-1. URL info
• MAŠKA, Martin, Tereza NEČASOVÁ, David WIESNER, Dmitry SOROKIN, Igor PETERLÍK, Vladimír ULMAN a David SVOBODA. Toward Robust Fully 3D Filopodium Segmentation and Tracking in Time-Lapse Fluorescence Microscopy. Online. In 26th IEEE International Conference on Image Processing. Taipei: IEEE, 2019, s. 819-823. ISBN 978-1-5386-6249-6. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1109/ICIP.2019.8803721. URL info
• WIESNER, David, David SVOBODA, Martin MAŠKA a Michal KOZUBEK. CytoPacq: A web-interface for simulating multi-dimensional cell imaging. Bioinformatics. Oxford University Press, 2019, roč. 35, č. 21, s. 4531-4533. ISSN 1367-4803. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btz417. URL info
• WIESNER, David, Tereza NEČASOVÁ a David SVOBODA. On Generative Modeling of Cell Shape Using 3D GANs. Online. In Ricci Elisa, Rota Buló Samuel, Snoek Cees, Lanz Oswald, Messelodi Stefano, Sebe Nicu. Image Analysis and Processing – ICIAP 2019. LNCS 11752. Trento: Springer, 2019, s. 672-682. ISBN 978-3-030-30644-1. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-030-30645-8_61. URL info

14. 1. 2021