prof. RNDr. Michal Kozubek, Ph.D.

vedoucí pracoviště – Centrum analýzy biomedicínského obrazu


kancelář: A311
Botanická 554/68a
602 00 Brno

Zobrazit na mapě

telefon: 549 49 4023
e‑mail:
Životopis

Životopis

Identifikace osoby
  • prof. RNDr. Michal Kozubek, Ph.D.
    narozen 15. února 1974 v Havířově, Československo, ženatý, 2 děti
Pracoviště
  • Centrum analýzy biomedicínského obrazu
    Fakulta informatiky, Masarykova univerzita
    Botanická 68a, 602 00 Brno, Česká republika
Funkce na pracovišti
  • Profesor
    Vedoucí Centra analýzy biomedicínského obrazu
Vzdělání a akademická kvalifikace
  • 2012: Prof, informatika, Fakulta informatiky MU, Brno.
  • 2002: Doc, informatika, Fakulta informatiky MU, Brno. Habilitační práce: "Modern tools for automated high-resolution image acquisition and processing in the research of the spatial organization of the cell nucleus".
  • 1998: PhD, informatika, Fakulta informatiky MU, Brno. Disertační práce: "High-resolution cytometry: hardware approaches, image analysis techniques and applications".
  • 1995: Mgr, informatika, Fakulta informatiky MU, Brno. Diplomová práce: "Analýza obrazu pořízeného při fluorescenční in situ hybridizaci".
Přehled zaměstnání
  • 2011 - 2015: děkan, Fakulta informatiky MU, Brno.
  • 1998 - nyní: vedoucí Centra analýzy biomedicínského obrazu, Fakulta informatiky MU, Brno.
  • 1996 - 1998: vědecko-výzkumný asistent, Katedra informačních technologií, Fakulta informatiky MU, Brno.
Pedagogická činnost
  • 2006 - nyní: Garant nově zavedeného oboru "Zpracování obrazu"
  • 2000 - nyní: Digitální zpracování obrazu a související kursy
  • 1993 - 1998: Návrh algoritmů, Úvod do objektově-orientovaného programování
Vědeckovýzkumná činnost
  • Optická mikroskopie
    - Tvorba obrazu v konvenčním, konfokálním a fluorescenčním mikroskopu
    - Nové techniky zaváděné v optické mikroskopii
    - Automatizace optické mikroskopie
  • Pořizování a analýza obrazu
    - Snímání obrazu a jeho automatizace
    - Zpracování obrazu, segmentace a sledování objektů
    - Benchmarking algoritmů analýzy obrazu
  • Biomedicínské aplikace
    - Počítačová analýza buněk a tkání
    - Modelování časo-prostorového chování buněk
    - Klinické aplikace, porovnávání chování zdravých a nádorových buněk
Akademické stáže
  • 2008: dvouměsíční pobyt na Universidad de Navarra, Pamplona a San Sebastián, Španělsko.
  • 2007: měsíční výzkumný pobyt v Centrum för bildanalys, Uppsala Universitet, Švédsko.
  • 2006: šestitýdenní pobyt v Centro de Investigación Médica Aplicada (CIMA), Universidad de Navarra, Pamplona, Španělsko.
  • 2004: tříměsíční výzkumný pobyt na Dept. of Information Technology, Lappeenranta University of Technology, Finsko (fellowship CIMO).
  • 2001: dvoutýdenní výzkumný pobyt na Kirchhoff Institut für Physik, Universität Heidelberg, Německo (grant Volkswagen Stiftung).
  • 1995 - 1996: devítiměsíční stáž na Dept. of Engineering Science, University of Oxford, Velká Británie (stipendium Soros/FCO).
  • 1994: čtyřměsíční stáž na Technische Universität Darmstadt, Německo (stipendium TEMPUS).
Hlavní výzkumné projekty
  • Hlavní řešitel:
    2017 - 2020: "Benchmarking algoritmů segmentace a sledování buněk", MŠMT ČR, projekt INTER-COST LTC17016.
    2006 - 2011: "Vytipování markerů, screening a časná diagnostika nádorových onemocnění pomocí vysoce automatizovaného zpracování multidimenzionálních biomedicínských obrazů", MŠMT ČR, projekt 2B06052.
    2000 - 2002: "Automated micro-axial tomography of tumor-correlated FISH pattern", Volkswagen Stiftung (Německo), grant I/75946.
    1999 - 2004: "Využití počítačové analýzy obrazu v optické mikroskopii", MŠMT ČR, projekt MSM-143300002.
    1999 - 2001: "Využití analýzy obrazu při studiu struktury interfázního jádra", GA ČR, grant 202/99/P008.
  • Spoluřešitel:
    2017 - 2019: "Optimalizace cílené terapie kolorektálního karcinomu ovlivňováním účinnosti penetrace a cytotoxicity regulátorů buněčných signalizací", Grantová agentura MU, projekt MUNI/G/0974/2016.
    2016 - 2020: "Národní infrastruktura pro biologické a medicínské zobrazování", MŠMT ČR, projekty velkých výzkumných infrastruktur LM2015062 a CZ.02.1.01/0.0/0.0/16_013/0001775.
    2016 - 2020: "A new Network of European BioImage Analysts to advance life science imaging (NEUBIAS)", EU COST Action CA15124.
    2012 - 2018: "Dynamika a organizace chromosomů během buněčného cyklu a při diferenciaci v normě a patologii", GA ČR, Centrum excelence 302/12/G157.
    2005 - 2011: "Dynamika a organizace chromosomů během buněčného cyklu v normě a patologii", MŠMT ČR, Centrum základního výzkumu LC535.
    2004 - 2006: "Cytometrie s vysokým rozlišením na živých buňkách", GA ČR, grant 202/04/0907.
    2003 - 2007: "Struktura lidského genomu", GA AV ČR, grant A5004306.
    2002 - 2006: "Využití kombinace laserových mikrosvazkových a cytometrických technik ke studiu struktury a dynamiky lidského genomu", GA AV ČR, grant A1065203.
    2002 - 2004: "Epigeneticky kontrolované změny exprese genů u nádorových onemocnění", IGA MZ ČR, grant NC/6987-3.
    2002 - 2004: "Určení radiačního rizika pro vznik chronické myeloidní leukémie na základě měření vzdáleností mezi geny ABL a BCR v hematopoietických buňkách", GA ČR, grant 202/02/0804.
    2001 - 2003: "Studium lokální kontroly exprese genů pomocí spektrální mikroskopie a analýzy obrazu", GA ČR, grant 301/01/0186.
    2001 - 2003: "Jaderná topologie některých protoonkogenů u lidských neutrofilních granulocytů a leukemických buněk", GA AV ČR, grant B5004102.
    2000 - 2004: "Vývoj nových diagnostických technik pro onkologii", AV ČR, grant S5004010.
    2000 - 2002: "Jak může přispět studium prostorového uspořádání specifických genetických lokusů v jádře buněk zdravých a maligních tkání k diagnostice a léčbě solidních tumorů ", IGA MZ ČR, grant NC/5955-3.
    1998 - 2000: "Užití interfázní FISH techniky pro vyhledávání lidí se zvýšeným rizikem vzniku zhoubných hemoblastóz", IGA MZ ČR, grant NM/15-3.
    1997 - 2000: "Využití analýzy obrazu při studiu mechanismů vzniku, v diagnostice a pro prevenci závažných onemocnění člověka", MŠMT ČR, projekt VS-97031.
    1997 - 1999: "Struktura interfázního jádra a její změny po ozáření", GA ČR, grant 202/97/0874.
    1996 - 1998: "Stanovení stabilních chromosomálních aberací indukovaných v buňkách lidské krve hustě ionizujícím zářením", GA ČR, grant 202/96/1718.
    1995 - 1996: "Využití interfázní cytogenetické analýzy metodou fluorescenční in situ hybridizace pro monitorování klonu maligních buněk u hemoblastických onemocnění", IGA MZ ČR, grant IZ/2636-2.
Členství v akademických společnostech
  • Mezinárodní:
    2018 - nyní: člen, Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention (MICCAI)
    2016 - nyní: člen, IEEE Signal Processing Society (IEEE SPS)
    2002 - nyní: člen, European Microscopy Society (EMS)
    2000 - nyní: člen, International Society for Advancement of Cytometry (ISAC)
  • Národní:
    2017 - nyní: člen, Vědecká rada Matematicko-fyzikální fakulty Univerzity Karlovy
    2012 - 2016: člen, Panel 202 Informatika, Grantová agentura České republiky (GAČR)
    2003 - 2014: člen, Česká společnost pro analytickou cytologii (ČSAC)
    2002 - nyní: člen, Československá mikroskopická společnost (CSMS)
  • Univerzitní:
    2013 - 2017: člen, Vědecká rada Ústavu výpočetní techniky Masarykovy univerzity
    2011 - 2015: člen, Vědecká rada Masarykovy univerzity
    2009 - 2011: člen, 2018 - nyní: člen, Akademický senát Masarykovy univerzity
    2006 - 2008: člen, 2009 - 2011: předseda, 2015 - 2017: člen, 2018 - nyní: předseda, Akademický senát Fakulty informatiky Masarykovy univerzity
    2004 - 2007: člen, 2011 - 2015: předseda, 2015 - nyní: člen, Vědecká rada Fakulty informatiky Masarykovy univerzity
    2003 - 2006: člen, Vědecká rada Přírodovědecké fakulty Masarykovy univerzity
Ocenění akademickou komunitou
  • 2005: člen týmu, který obsadil 1. místo v národní soutěži Best of Biotech (za nejlepší projekt v biotechnologiích s názvem Obrazový cytometr s vysokým rozlišením)
  • 2003 - 2016: cena rektora, Masarykova univerzita, udělena čtyřem absolventům PhD studia, jejichž školitelem byl Michal Kozubek (2003: Petr Matula, 2011: Silvie Luisa Brázdilová, 2012: Ondřej Daněk, 2016: Martin Maška)
  • 1999: cena ministra TALENT'98, Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR (za rozvoj interdisciplinárního výzkumu)
  • 1998: cena rektora, Masarykova univerzita (za vynikající výsledky během postgraduálního studia)
  • 1995: cena rektora, Masarykova univerzita (za vynikající výsledky během magisterského studia)
  • 1995: cena děkana, Fakulta informatiky, Masarykova univerzita (za vynikající výsledky během magisterského studia)
  • 1993: cena děkana, Přírodovědecká fakulta, Masarykova univerzita (za vynikající výsledky během magisterského studia)
Hlavní publikace
  • MACHÁLKOVÁ, Markéta, Barbora PAVLATOVSKÁ, Jan MICHÁLEK, Adam PRUŠKA, Karel ŠTĚPKA, Tereza NEČASOVÁ, Katarzyna Anna RADASZKIEWICZ, Michal KOZUBEK, Jan ŠMARDA, Jan PREISLER a Jarmila NAVRÁTILOVÁ. Drug Penetration Analysis in 3D Cell Cultures Using Fiducial-Based Semiautomatic Coregistration of MALDI MSI and Immunofluorescence Images. Analytical Chemistry, American Chemical Society, 2019, roč. 91, č. 21, s. 13475-13484. ISSN 0003-2700. doi:10.1021/acs.analchem.9b02462. URL info
  • MAIER-HEIN, Lena, Matthias EISENMANN, Annika REINKE, Sinan ONOGUR, Marko STANKOVIC, Patrick SCHOLZ, Tal ARBEL, Hrvoje BOGUNOVIC, Andrew BRADLEY, Aaron CARASS, Carolin FELDMANN, Alejandro FRANGI, Peter FULL, Bram VAN GINNEKEN, Allan HANBURY, Katrin HONAUER, Michal KOZUBEK, Bennett LANDMAN, Keno MÄRZ, Oskar MAIER, Klaus MAIER-HEIN, Bjoern MENZE, Henning MÜLLER, Peter NEHER, Wiro NIESSEN, Nasir RAJPOOT, Gregory SHARP, Korsuk SIRINUKUNWATTANA, Stefanie SPEIDEL, Christian STOCK, Danail STOYANOV, Abdel Aziz TAHA, Fons VAN DER SOMMEN, Ching-Wei WANG, Marc-André WEBER, Guoyan ZHENG, Pierre JANNIN a Annette KOPP-SCHNEIDER. Why rankings of biomedical image analysis competitions should be interpreted with care. Nature Communications, Nature Publishing Group, 2018, roč. 9, č. 5217, s. 1-13. ISSN 2041-1723. doi:10.1038/s41467-018-07619-7. URL info
  • ULMAN, Vladimír, Martin MAŠKA, Klas E G MAGNUSSON, Olaf RONNEBERGER, Carsten HAUBOLD, Nathalie HARDER, Pavel MATULA, Petr MATULA, David SVOBODA, Miroslav RADOJEVIC, Ihor SMAL, Karl ROHR, Joakim JALDÉN, Helen M BLAU, Oleh DZYUBACHYK, Boudewijn LELIEVELDT, Pengdong XIAO, Yuexiang LI, Siu-Yeung CHO, Alexandre C DUFOUR, Jean-Christophe OLIVO-MARIN, Constantino C REYES-ALDASORO, Jose A SOLIS-LEMUS, Robert BENSCH, Thomas BROX, Johannes STEGMAIER, Ralf MIKUT, Steffen WOLF, Fred A HAMPRECHT, Tiago ESTEVES, Pedro QUELHAS, Ömer DEMIREL, Lars MALMSTRÖM, Florian JUG, Pavel TOMANCAK, Erik MEIJERING, Arrate MUÑOZ-BARRUTIA, Michal KOZUBEK a Carlos ORTIZ-DE-SOLORZANO. An objective comparison of cell-tracking algorithms. Nature Methods, Macmillan Publishers Limited, part of Springer Nature, 2017, roč. 14, č. 12, s. 1141-1152. ISSN 1548-7091. doi:10.1038/nmeth.4473. webová stránka publikace výsledku info
  • KOZUBEK, Michal. Challenges and Benchmarks in Bioimage Analysis. In DeVos WH, Munck S, Timmermans JP. Focus on Bio-Image Informatics. Berlin: Springer, 2016. s. 231-262, 32 s. Advances in Anatomy, Embryology and Cell Biology 219. ISBN 978-3-319-28547-4. doi:10.1007/978-3-319-28549-8_9. URL info
  • ULMAN, Vladimír, David SVOBODA, Matti NYKTER, Michal KOZUBEK a Pekka RUUSUVUORI. Virtual cell imaging: A review on simulation methods employed in image cytometry. Cytometry Part A, John Wiley & Sons, 2016, roč. 89A, č. 12, s. 1057-1072. ISSN 1552-4922. doi:10.1002/cyto.a.23031. URL info
  • MATULA, Pavel, Martin MAŠKA, Dmitry SOROKIN, Petr MATULA, Carlos ORTIZ-DE-SOLÓRZANO a Michal KOZUBEK. Cell tracking accuracy measurement based on comparison of acyclic oriented graphs. PLoS ONE, 2015, roč. 10, č. 12, s. "e0144959". ISSN 1932-6203. doi:10.1371/journal.pone.0144959. URL info
  • ŠTĚPKA, Karel, Pavel MATULA, Petr MATULA, Stefan WOERZ, Karl ROHR a Michal KOZUBEK. Performance and Sensitivity Evaluation of 3-D Spot Detection Methods in Confocal Microscopy. Cytometry Part A, John Wiley & Sons, 2015, roč. 87A, č. 8, s. 759-772. ISSN 1552-4922. doi:10.1002/cyto.a.22692. info
  • ORTIZ-DE-SOLÓRZANO, Carlos, Arrate MUÑOZ-BARRUTIA, Erik MEIJERING a Michal KOZUBEK. Toward a Morphodynamic Model of the Cell. IEEE Signal Processing Magazine, New York: IEEE, 2015, roč. 32, č. 1, s. 20-29. ISSN 1053-5888. doi:10.1109/MSP.2014.2358263. info
  • MAŠKA, Martin, Vladimír ULMAN, David SVOBODA, Pavel MATULA, Petr MATULA, Cristina EDERRA, Ainhoa URBIOLA, Tomás ESPAÑA, Subramanian VENKATESAN, Deepak M W BALAK, Pavel KARAS, Tereza BOLCKOVÁ, Markéta ŠTREITOVÁ, Craig CARTHEL, Stefano CORALUPPI, Nathalie HARDER, Karl ROHR, Klas E G MAGNUSSON, Joakim JALDÉN, Helen M BLAU, Oleh DZYUBACHYK, Pavel KŘÍŽEK, Guy M HAGEN, David PASTOR-ESCUREDO, Daniel JIMENEZ-CARRETERO, Maria J LEDESMA-CARBAYO, Arrate MUÑOZ-BARRUTIA, Erik MEIJERING, Michal KOZUBEK a Carlos ORTIZ-DE-SOLORZANO. A Benchmark for Comparison of Cell Tracking Algorithms. Bioinformatics, 2014, roč. 30, č. 11, s. 1609-1617. ISSN 1367-4803. doi:10.1093/bioinformatics/btu080. URL info
  • DANĚK, Ondřej, Pavel MATULA, Martin MAŠKA a Michal KOZUBEK. Smooth Chan-Vese Segmentation via Graph Cuts. Pattern recognition letters : an official publication of the International Association for Pattern Recognition., Amsterdam: Elsevier, 2012, roč. 33, č. 10, s. 1405-1410. ISSN 0167-8655. doi:10.1016/j.patrec.2012.03.013. URL info
  • BRÁZDILOVÁ, Silvie Luisa a Michal KOZUBEK. Image Division Technique in Pre-acquisition Analysis of Information Content for Automated Microscopy. Journal of Microscopy, Oxford: Blackwell Science, 2011, roč. 242, č. 3, s. 279-289. ISSN 0022-2720. doi:10.1111/j.1365-2818.2010.03465.x. info
  • STAIER, Florian, Heinz EIPEL, Petr MATULA, Alexei V EVSIKOV, Michal KOZUBEK, Christoph CREMER a Michael HAUSMANN. Micro axial tomography: A miniaturized, versatile stage device to overcome resolution anisotropy in fluorescence light microscopy. Rev. Sci. Instrum., USA: American Institute of Physica, 2011, roč. 82, č. 9, s. "093701-1"-"093701-8". ISSN 0034-6748. info
  • SVOBODA, David, Michal KOZUBEK a Stanislav STEJSKAL. Generation of Digital Phantoms of Cell Nuclei and Simulation of Image Formation in 3D Image Cytometry. Cytometry Part A, John Wiley & Sons, Inc., 2009, roč. 75A, č. 6, s. 494-509. ISSN 1552-4922. doi:10.1002/cyto.a.20714. info
  • BRÁZDILOVÁ, Silvie Luisa a Michal KOZUBEK. Information Content Analysis in Automated Microscopy Imaging using an Adaptive Autofocus Algorithm for Multimodal Functions. Journal of Microscopy, Oxford: Blackwell Science, 2009, roč. 236, č. 3, s. 194-202. ISSN 0022-2720. doi:10.1111/j.1365-2818.2009.03280.x. info
  • MATULA, Pavel, Martin MAŠKA, Ondřej DANĚK, Petr MATULA a Michal KOZUBEK. Acquiarium: Free Software for the Acquisition and Analysis of 3D Images of Cells in Fluorescence Microscopy. In IEEE International Symposium on Biomedical Imaging. Boston: IEEE, 2009. s. 1138-1141, 4 s. ISBN 978-1-4244-3932-4. URL info
  • MATULA, Petr, Pavel MATULA, Michal KOZUBEK a Vladimír DVOŘÁK. Fast Point-Based 3D Alignment of Live Cells. IEEE Transactions on Image Processing, 2006, roč. 15, č. 8, s. 2388-2396. ISSN 1057-7149. info
  • KOZUBEK, Michal. Image acquisition and its automation in fluorescence microscopy. In From cells to proteins: Imaging nature across dimensions. Dordrecht: Springer, 2005. s. 227-270, 44 s. NATO Science Series. ISBN 1-4020-3615-9. info
  • KOZUBEK, Michal, Petr MATULA, Pavel MATULA a Stanislav KOZUBEK. Automated acquisition and processing of multidimensional image data in confocal in vivo microscopy. Microscopy research and technique, USA: Wiley-Liss, 2004, roč. 64, č. 2, s. 164-175. ISSN 1059-910X. info
  • KOZUBEK, Michal, Petr MATULA a Pavel MATULA. Automated confocal microscopy: The way of achieving both quality and quantity in 3D image cytometry. In International Symposium on Biomedical Imaging. Arlington, USA: IEEE, 2004. s. 69-72, 4 s. ISBN 0-7803-8389-3. info
  • MATULA, Petr, Michal KOZUBEK, Florian STAIER a Michael HAUSMANN. Precise 3D image alignment in micro-axial tomography. Journal of Microscopy, Oxford: Blackwell Science, 2003, roč. 209, č. 2, s. 126-142. ISSN 0022-2720. info
  • KOZUBEK, Michal, Magdalena SKALNÍKOVÁ, Petr MATULA, Eva BÁRTOVÁ, Joachim RAUCH, Friedrich NEUHAUS, Heinz EIPEL a Michael HAUSMANN. Automated micro axial tomography of cell nuclei after specific labelling by fluorescence in situ hybridisation. Micron, Amsterdam: Elsevier, 2002, roč. 33, č. 7, s. 655-665. ISSN 0968-4328. info
  • KOZUBEK, Michal. Theoretical versus experimental resolution in optical microscopy. Microscopy research and technique, USA: Wiley-Liss, 2001, roč. 53, č. 2, s. 157-166. ISSN 1059-910X. abstract info
  • KOZUBEK, Michal, Stanislav KOZUBEK, Emilie LUKÁŠOVÁ, Eva BÁRTOVÁ, Magdalena SKALNÍKOVÁ, Pavel MATULA, Petr MATULA, Pavla JIRSOVÁ, Alena GAŇOVÁ a Irena KOUTNÁ. Combined confocal and wide-field high-resolution cytometry of FISH-stained cells. Cytometry, New York: International Society for Analytical Cyt, 2001, roč. 45, č. 1, s. 1-12. ISSN 0196-4763. abstract info
  • KOZUBEK, Michal. FISH Imaging. In Confocal and two-photon microscopy: Foundations, applications, and advances. New York: Wiley-Liss, 2001. s. 389-429. ISBN 0-471-40920-0. abstract info
  • KOZUBEK, Michal a Petr MATULA. An efficient algorithm for measurement and correction of chromatic aberrations in fluorescence microscopy. Journal of Microscopy, Oxford: Blackwell Science, 2000, roč. 200, č. 3, s. 206-217. ISSN 0022-2720. abstract info
  • KOZUBEK, Michal, Stanislav KOZUBEK, Emilie LUKÁŠOVÁ, Andrea MAREČKOVÁ, Eva BÁRTOVÁ, Magdalena SKALNÍKOVÁ a Adriana JERGOVÁ. High-resolution cytometry of FISH dots in interphase cell nuclei. Cytometry, New York: International Society for Analytical Cyt, 1999, roč. 36, č. 4, s. 279-293. ISSN 0196-4763. info
  • SCHRADER, Martin, Michal KOZUBEK, Stefan HELL a Tony WILSON. Optical transfer functions of 4Pi confocal microscopes : theory and experiment. Optics Letters, 1997, roč. 22, č. 7, s. 436-438. ISSN 0146-9592. info
  • JUŠKAITIS, Rimas, Tony WILSON, Mark NEIL a Michal KOZUBEK. Efficient real-time confocal microscopy with white light sources. Nature, 1996, roč. 383, č. 6603, s. 804-806. ISSN 0028-0836. info
  • WILSON, Tony, Rimas JUŠKAITIS, Mark NEIL a Michal KOZUBEK. Confocal microscopy by aperture correlation. Optics Letters, 1996, roč. 21, č. 23, s. 1879-1881. ISSN 0146-9592. info

21. 11. 2019