Informace o projektu

Celogenomové sekvencování v analýze genomů a transkriptomů patogenních bakterií rodu Treponema

Kód projektu
GAP302/12/0574
Období řešení
1/2012 - 12/2016
Investor/Program
Grantová agentura ČR
Programový rámec / typ projektu
Standardní projekty
Fakulta/Pracoviště MU
Lékařská fakulta

Rod Treponema zahrnuje řadu lidských patogenních druhů a poddruhů, které způsobují syfilis (T. pallidum ssp. pallidum,TPA), yaws (T. pallidum ssp. pertenue, TPE), endemickou syfilis (T. pallidum ssp. endemicum) a pintu (T. carateum). Plánovaný projekt má dva základní cíle zahrnující genomové sekvencování řady vybraných kmenů treponem a sekvenční analýzu transkriptomů několika patogenních kmenů. Bude sekvencováno nejméně 10 kmenů treponem, a to na úroveň vysoce kvalitní kompletní genomové sekvence. Tyto sekvence budou použity pro definici minimálního počtu genetických změn odlišujících zástupce poddruhů pallidum a pertenue. Budou sekvencovány také kmeny izolované z klinického materiálu a kmen způsobující syfilis zajíců, T. paraluisleporis. Sekvenační metody budou použity také pro analýzu transkriptomů nejméně 6 treponemálních kmenů způsobujících syfilis a yaws. Treponemální promotory budou identifikovány pomocí reporterového plasmidu s luxCDABE geny.

Publikace

2016

Treponema pallidum 11qj Subtype May Correspond to a Treponema pallidum Subsp Endemicum Strain

GRANGE Philippe Alain — MIKALOVÁ Lenka — GAUDIN Cyrill — STROUHAL Michal — JANIER Michel — BENHADDOU Nadjet — ŠMAJS David — DUPIN Nicolas

Treponema pallidum, the syphilis spirochete: making a living as a stealth pathogen

RADOLF Justin D. — DEKA Ranjit K. — ANAND Arvind — ŠMAJS David — NORGARD Michael V. — YANG X. Frank

2015

A Retrospective Study on Genetic Heterogeneity within Treponema Strains: Subpopulations Are Genetically Distinct in a Limited Number of Positions

ČEJKOVÁ DarinaSTROUHAL Michal — NORRIS Steven J. — WEINSTOCK George M. — ŠMAJS David

Macrolide Resistance in the Syphilis Spirochete, Treponema pallidum ssp. pallidum: Can We Also Expect Macrolide-Resistant Yaws Strains?

ŠMAJS DavidPAŠTĚKOVÁ LenkaGRILLOVÁ Linda

Rezistence původce syfilis, Treponema pallidum subsp. pallidum, k makrolidovým antibiotikům v České republice a ve světě

GRILLOVÁ LindaMIKALOVÁ Lenka — ZAKOUCKÁ H. — ŽIDLICKÁ J. — ŠMAJS David

The 2 simultaneously Published "k" Sequence Variants of tp0548 Locus of Treponema pallidum ssp. pallidum Isolates Differ: The One Published Later Has to Be Renamed as "l"

GRILLOVÁ LindaSTROUHAL Michal — MIKALOVÁ Lenka — ŠMAJS David

2014

Syphilis-causing strains belong to separate SS14-like or Nichols-like groups as defined by multilocus analysis of 19 Treponema pallidum strains

NECHVÁTAL Lukáš — PĚTROŠOVÁ Helena — GRILLOVÁ LindaPOSPÍŠILOVÁ Petra — MIKALOVÁ Lenka — STRNADEL Radim — KUKLOVÁ Ivana — KOJANOVÁ Martina — KREIDLOVÁ Miluše — VAŇOUSOVÁ Daniela — PROCHÁZKA Přemysl — ZÁKOUCKÁ Hana — KRCHŇÁKOVÁ Alena — ŠMAJS David

The Molecular Typing Data of Recently Identified Subtype 11q/j of Treponema pallidum subsp. pallidum Suggest Imported Case of Yaws.

MIKALOVÁ Lenka — STROUHAL MichalGRILLOVÁ LindaŠMAJS David

Whole Genome Sequence of the Treponema pallidum subsp. endemicum Strain Bosnia A: The Genome Is Related to Yaws Treponemes but Contains Few Loci Similar to Syphilis Treponemes

ŠTAUDOVÁ Barbora — STROUHAL Michal — ZOBANÍKOVÁ Marie — ČEJKOVÁ Darina — FULTON Lucinda L. — CHEN Lei — GIACANI lorenzo — CENTURION-LARA Arturo — BRUISTEN Sylvia M. — SODERGREN Erica — WEINSTOCK George M. — ŠMAJS David

2013

Comparison of CDC and sequence-based molecular typing of syphilis treponemes: tpr and arp loci are variable in multiple samples from the same patient

MIKALOVÁ LenkaPOSPÍŠILOVÁ PetraWOZNICOVÁ Vladana — KUKLOVA Ivana — ZAKOUCKA Hana — ŠMAJS David

Předchozí 1 2 Další

Používáte starou verzi internetového prohlížeče. Doporučujeme aktualizovat Váš prohlížeč na nejnovější verzi.

Další info