Informace o publikaci

Next-generation sequencing and genome characterization of red clover and its wild relative zig-zag clover

Název česky Sekvenování další generace a charakterizace genomu jetele lučního a planého příbuzného druhu jetele prostředního
Autoři

ŘEPKOVÁ Jana IŠTVÁNEK Jan NEDĚLNÍK Jan JAKEŠOVÁ Hana DLUHOŠOVÁ Jana

Rok publikování 2014
Druh Článek ve sborníku
Konference International Conference on ENHANCED GENEPOOL UTILIZATION - Capturing wild relative and landrace diversity for crop improvement, Cambridge, United Kingdom, 16-20 June 2014. Book of Abstracts.
Fakulta / Pracoviště MU

Přírodovědecká fakulta

Citace
Obor Genetika a molekulární biologie
Klíčová slova Trifolium pratense; Trifolium medium; de novo sequencing; SNP; SSR
Popis Rod Trifolium je taxonomicky klasifikován do čeledě Fabaceae. Obsahuje druhy známé jako jetel, kulturní I plané. Mezidruhová hybridizace tetraploidního jetele lučního a příbuzným oktoploidním jetelem prostředním (T. medium) byla provedena s cílem introgrese vhodných znaků do jetele lučního. Byla provedena de novo assembly genomu T. pratense po jeho osekvenování metodou Illumina. Současná assembly zahrnuje ~314.6 Mbp. Celkem bylo anotováno 47398 genů kódující protein z 64761 předpovězených genů. Byly identifikovány geny rezistence, geny pro leghemoglobin a geny kódující peptidy bohaté na cystein specifické pro hlízky. Byla získána sekvenační data pro T. medium s pokrytím genomu 20,7x (x = 3,5 Gbp). Byly získány druhově specifické SNP v kódujících sekvencích (23299 pro T. pratense a 1177 pro T. medium) a 924837 SNP mezi genotypy křížených druhů T. pratense a T. medium. Pro kódující sekvence a exony byl vytvořen katalog markerů SSR.
Související projekty:

Používáte starou verzi internetového prohlížeče. Doporučujeme aktualizovat Váš prohlížeč na nejnovější verzi.

Další info