Informace o publikaci
Příprava univerzální sondy pro detekci profágů v kmenech <I> Staphylococcus aureus</I>
| Autoři | |
|---|---|
| Rok publikování | 2003 |
| Druh | Článek ve sborníku |
| Konference | VII. Pracovní setkání biochemiků a molekulárních biologů |
| Fakulta / Pracoviště MU | |
| Citace | |
| www | http://orion.chemi.muni.cz/Setkani/setkani7/index.htm |
| Obor | Genetika a molekulární biologie |
| Klíčová slova | Bacterial Typing Techniques; DNA; Bacteriophages; Staphylococcus aureus; Lysogeny; Multiplex PCR; Prophage detection |
| Popis | Většina kmenů patogenního bakteriálního druhu Staphylococcus aureus je lyzogenních a obsahuje ve svém genomu jednoho nebo více profágů. Přítomnost profágů vede ke změnám fenotypových znaků hostitelských kmenů (k tzv. lyzogenním konverzím), které se často týkají jejich patogenity a virulence, anebo navozují necitlivost k dalším fágům. Cílem práce bylo identifikovat genomovou sekvenci společnou pro fágové druhy 3A, 53 a 77 reprezentující sérologické skupiny A, B a F mírných bakteriofágů mezinárodní standardní řady druhu S. aureus a využít ji k přípravě molekulární sondy pro detekci profágových sekvencí v genomech hostitelských kmenů. Vyhledání společné sekvence bylo provedeno reciprokou hybridizací značených celkových genomových DNA fágů 3A a 77 k restrikčním spektrům (HindIII/XbaI) DNA fágů 3A, 53 a 77. Hybridizující restrikční fragmenty byly klonovány a použity jako sondy k ověření přítomnosti identických sekvencí v genomech všech fágů mezinárodní řady. Z testovaných restrikčních fragmentů byl vybrán fragment HindIII/XbaI-F z fága 3A, který hybridizoval k většině fágových DNA (100% zástupců sérologické skupiny A, 100% sérologické skupiny F a 36% sérologické skupiny B fágů mezinárodní standardní řady). Byla stanovena jeho sekvence a srovnána s dosud známými sekvencemi stafylokokových bakteriofágů a profágů identifikovaných v genomech S. aureus. Tato sekvence odpovídá části genu pro integrázu a nekódující oblasti mezi tímto genem a genem pro excizionázu. Připravená sonda je vhodná pro identifikaci všech profágů séroskupin A a F a většiny profágů séroskupiny B v kmenech S. aureus . Výsledky práce ukázaly, že genomy bakteriofágů S. aureus jednotlivých séroskupin obsahují jen velmi omezený počet vzájemně homologních sekvencí DNA, mezi něž patří zejména geny, které se týkají integrace bakteriofágových genomů do genomu hostitelských kmenů. |
| Související projekty: |