Informace o publikaci

Určení kompletní genomové sekvence kmene Treponema pallidum subspecies pertenue CDC-2

Logo poskytovatele
Autoři

ČEJKOVÁ Darina ŠMAJS David

Rok publikování 2007
Druh Konferenční abstrakty
Fakulta / Pracoviště MU

Lékařská fakulta

Citace
Popis Cíl: Získání kompletní genomové sekvence Treponema pallidum ssp. pertenue CDC-2 (původce yaws) a následná komparativní genomika s genomy blízce příbuzných treponem (původci pohlavně nepřenosné yaws, venerické syfilis a spirochetózy králíků). Z celkového množství 10,24 microg amplifikované DNA, 6 microg bylo použito k pyrosekvenování. Sekvenací bylo určeno 464757 bp sestavených do 1669 kontigů. Použitím blastn analýzy bylo určeno 74 kontigů, jejichž sekvence jsou homologní k sekvencím Treponema. Získaná sekvence CDC-2 kontigů byla průměrně čtena 36x a zahrnovala 98,63 % genomu T. p. pallidum Nichols (AE000520). Délka mezer mezi 74 kontigy ležela v rozmezí 1 bp a 5963 bp a spadala do 50 amplifikovatelných oblastí. Očekávané celogenomové rozdíly mezi kmeny CDC-2 a Nichols zahrnují 2100 SNP, 4 inzerce a 6 delecí. Očekávané rozdíly mezi kmeny CDC-2 a Samoa D představují 400 SNP, 1 inzerci a 1 deleci.
Související projekty:

Používáte starou verzi internetového prohlížeče. Doporučujeme aktualizovat Váš prohlížeč na nejnovější verzi.

Další info