Sekvenace genomu Treponema pallidum subspecies pertenue Samoa D: srovnání tří metod celogenomové sekvenace.

• Autoři: ZOBANÍKOVÁ Marie; MATĚJKOVÁ Petra; STROUHAL Michal; ČEJKOVÁ Darina; ŠMAJS David
• Rok publikování: 2008
• Druh: Článek ve sborníku
• Konference: XII. Setkání biochemiků a molekulárních biologů. Sborník příspěvků.
• Fakulta / Pracoviště MU: Lékařská fakulta
• Obor: Genetika a molekulární biologie
• Klíčová slova: Treponema pallidum; CGS; pyrosequencing; Solexa; Sanger sequencing
• Popis: Kmen Samoa D (Treponema pallidum subsp. pertenue), původce onemocnění yaws, je blízce příbuzný syfilitickému kmeni Nichols (Treponema pallidum subsp. pallidum) o známé genomové sekvenci. Pro odhalení podstaty rozdílů v klinické manifestaci syfilis a yaws bylo tedy nezbytné určit kompletní nukleotidovou sekvenci T. pallidum subsp. pertenue. Genom kmene Samoa D byl nejprve sekvencován pomocí komparativní genomové sekvenace (CGS) a pyrosekvencování (454 Life Sciences). Později byl tento genom sekvencován také metodou firmy Solexa. Jako referenční metoda pro vyhodnocení správné sekvence v místech rozdílů mezi sekvencemi a pro vyplnění mezer mezi kontigy bylo použito Sangerovo sekvencování.

Související projekty

• Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací
• Molekulární typizace kmenů a izolátů Treponema pallidum subsp. Pallidum: základ pro epidemiologickou a klinickou identifikaci jednotlivých kmenů
• Komparativní genomové sekvencování patogenních treponem a transkriptomová analýza T. pallidum ssp. pallidum