Softwarový nástroj pomáhá vyvíjet nová léčiva

Díky spolupráci Přírodovědecké fakulty a Fakulty informatiky MU vznikl softwarový nástroj CAVER, který umožňuje počítačově analyzovat vnitřní strukturu proteinu. Lze tak odhadnout jeho reaktivitu s jinými molekulami dříve, než se začnou provádět zdlouhavé a finančně náročné laboratorní experimenty.

Software našel uplatnění v biomedicíně, kosmetice i v zemědělství

Projekt CAVER, který vznikl díky mezioborové spolupráci na MU, zahrnuje dva softwarové nástroje. Aplikace CAVER slouží k analýze proteinových struktur. Nástroj CAVER Analyst se využívá k vizualizaci a prozkoumání detekovaných tunelů.

Oba nástroje slouží výzkumným týmům po celém světě. Hlavní uplatnění našel software v proteinovém inženýrství a vývoji nových léčiv. Zájem o něj jsme ale zaznamenali i v dalších odvětvích, jako je kosmetický průmysl, zemědělství či doprava.

Používá se při patentovaných postupech

Zásadním přínosem CAVERu je jeho schopnost analyzovat vnitřní strukturu proteinu a tím odhadnout jeho reaktivitu s jinými molekulami ještě předtím, než jsou prováděny zdlouhavé a finančně náročné laboratorní experimenty.

Základní principy, které se v CAVERU využívají, byly již dříve použity v Loschmidtových laboratořích například při objevení enzymu pro rozklad yperitu. Tento postup byl následně patentován. Samotný nástroj CAVER se používá například při stabilizaci proteinů, která byla rovněž patentována.

Mezinárodní podpora a celosvětové využití

Projekt CAVER je nyní z části podporován mezinárodním výzkumným programem ELIXIR. Na vývoji nástroje CAVER Analyst se podílela pracoviště na TU Wien a University of Bergen. Aplikaci CAVER také zmiňují nejvýznamnější časopisy v oboru, např. Nature, Science, PNAS, The Journal of Biological Chemistry a další.

CAVER Analyst rovněž integruje nově vytvořené přístupy k vizualizaci tunelů, které byly v roce 2015 publikovány v impaktovaných časopisech Computer Graphics Forum, Transactions on Visualization and Computer Graphics a Bioinformatics.

Přečtěte si víc