doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D.

2025

• AEON 2025: Robust Control of Partially-Specified Boolean Networks

  VESELÝ Vojtěch ŠMIJÁKOVÁ Eva PASTVA Samuel BENEŠ Nikola ŠAFRÁNEK David

  Článek ve sborníku

  AEON 2025: Robust Control of Partially-Specified Boolean Networks, rok: 2025

• Symbolic Model Checking of Hybrid CTL on Coloured Kripke Structures

  BENEŠ Nikola BRIM Luboš HUVAR Ondřej PASTVA Samuel ŠAFRÁNEK David

  Článek ve sborníku

  Symbolic Model Checking of Hybrid CTL on Coloured Kripke Structures, rok: 2025

2024

• Abstraction-based segmental simulation of reaction networks using adaptive memoization

  HELFRICH Martin ANDRIUSHCHENKO Roman ČEŠKA Milan KŘETÍNSKÝ Jan MARTIČEK Štefan ŠAFRÁNEK David

  Článek v odborném periodiku

  BMC Bioinformatics, rok: 2024, ročník: 25, vydání: 350, DOI

• BNClassifier: Classifying Boolean Models by Dynamic Properties

  BENEŠ Nikola BRIM Luboš HUVAR Ondřej PASTVA Samuel ŠAFRÁNEK David

  Článek ve sborníku

  Computational Methods in Systems Biology, rok: 2024

2023

• Boolean network sketches: a unifying framework for logical model inference

  BENEŠ Nikola BRIM Luboš HUVAR Ondřej PASTVA Samuel ŠAFRÁNEK David

  Článek v odborném periodiku

  Bioinformatics, rok: 2023, ročník: 39, vydání: 4, DOI

• Combining formal methods and Bayesian approach for inferring discrete-state stochastic models from steady-state data

  KLEIN Julia PHUNG Huy HAJNAL Matej ŠAFRÁNEK David PETROV Tatjana

  Článek v odborném periodiku

  Plos one, rok: 2023, ročník: 18, vydání: 11, DOI

• Phenotype Control of Partially Specified Boolean Networks

  BENEŠ Nikola BRIM Luboš PASTVA Samuel ŠAFRÁNEK David ŠMIJÁKOVÁ Eva

  Článek ve sborníku

  Computational Methods in Systems Biology, rok: 2023

• Rule-based Modelling of Biological Systems Using Regulated Rewriting

  TROJÁK Matej ŠAFRÁNEK David PASTVA Samuel BRIM Luboš

  Článek v odborném periodiku

  Biosystems, rok: 2023, ročník: 225, vydání: 104843, DOI

• Temporary and Permanent Control of Partially Specified Boolean Networks

  BRIM Luboš PASTVA Samuel ŠAFRÁNEK David ŠMIJÁKOVÁ Eva

  Článek v odborném periodiku

  BIOSYSTEMS, rok: 2023, ročník: 223, vydání: JAN, DOI

2022

• AEON.py: Python library for attractor analysis in asynchronous Boolean networks

  BENEŠ Nikola BRIM Luboš HUVAR Ondřej PASTVA Samuel ŠAFRÁNEK David ŠMIJÁKOVÁ Eva

  Článek v odborném periodiku

  BIOINFORMATICS, rok: 2022, ročník: 38, vydání: 21, DOI