RNDr. Samuel Pastva, Ph.D.

2027

• Inference of Qualitative Models from Steady-State Data via Weighted MaxSMT

  HUVAR Ondřej BENEŠ Nikola JONÁŠ Martin ŠAFRÁNEK David PASTVA Samuel

  Stať ve sborníku

  Computational Methods in Systems Biology, rok: 2027, DOI

2026

• AEON 2025: Robust Control of Partially-Specified Boolean Networks

  VESELÝ Vojtěch ŠMIJÁKOVÁ Eva PASTVA Samuel BENEŠ Nikola ŠAFRÁNEK David

  Stať ve sborníku

  International Conference on Computational Methods in Systems Biology, CMSB 2025, rok: 2026, DOI

• BAss: symbolic reasoning in abstract dialectical frameworks

  PASTVA Samuel TRINH Van-Giang

  Stať ve sborníku

  Proceedings of the 23rd International Conference on Principles of Knowledge Representation and Reasoning, rok: 2026, DOI

• Control-guided refinement of partially specified Boolean networks: applications to RTK signaling

  ŠMIJÁKOVÁ Eva BRIM Luboš PASTVA Samuel ŠAFRÁNEK David

  Recenzovaný odborný článek

  Bioinformatics, rok: 2026, ročník: 42, vydání: 6, DOI

• Relating biomarkers and phenotypes using dynamical trap spaces

  PASTVA Samuel PARK Kyu Hyong ROZUM Jordan C. TRINH Van-Giang ALBERT Reka

  Recenzovaný odborný článek

  npj Systems Biology and Applications, rok: 2026, DOI

• Sketchbook: logical model inference from Boolean network sketches

  HUVAR Ondřej BENEŠ Nikola BRIM Luboš PASTVA Samuel ŠAFRÁNEK David

  Recenzovaný odborný článek

  BIOINFORMATICS ADVANCES, rok: 2026, ročník: 6, vydání: 1, DOI

• SMT with Uninterpreted Functions and Monotonicity Constraints in Systems Biology

  HUVAR Ondřej JONÁŠ Martin PASTVA Samuel

  Stať ve sborníku

  29th International Conference on Theory and Applications of Satisfiability Testing (SAT 2026), rok: 2026, DOI

• TabularQual: a spreadsheet-based format for annotating and curating logical models in SBML-qual

  XINGYU LI Luna BLEKER Carissa SOLIMAN Sylvain CALZONE Laurence HIROI Noriko HELIKAR Tomáš KÖNIG Matthias LADEIRA Luiz MONTEIRO Pedro T. NOËL Vincent PASTVA Samuel SALAZAR Albin ŠAFRÁNEK David THIEFFRY Denis TSIRVOULI Eirini NIARAKIS Anna GENNARI John H. Gennari

  Recenzovaný odborný článek

  npj Systems Biology and Applications, rok: 2026, DOI

2025

• An open problem: Why are motif-avoidant attractors so rare in asynchronous Boolean networks?

  PASTVA Samuel PARK Kyu Hyong HUVAR Ondrej ROZUM Jordan C. ALBERT Reka

  Recenzovaný odborný článek

  JOURNAL OF MATHEMATICAL BIOLOGY, rok: 2025, ročník: 91, vydání: 1, DOI

• Mapping the attractor landscape of Boolean networks with biobalm

  TRINH Van-Giang PARK Kyu Hyong PASTVA Samuel ROZUM Jordan C.

  Recenzovaný odborný článek

  BIOINFORMATICS, rok: 2025, ročník: 41, vydání: 5, DOI