Contribution of PCR Denaturing Gradient Gel Electrophoresis Combined with Mixed Chromatogram Software Separation for Complex Urinary Sample Analysis

• Autoři: KOTÁSKOVÁ Iva; MALIŠOVÁ Barbora; OBRUČOVÁ Hana; HOLÁ Veronika; PEROUTKOVÁ Tereza; RŮŽIČKA Filip; FREIBERGER Tomáš
• Rok publikování: 2017
• Druh: Článek v odborném periodiku
• Časopis / Zdroj: Journal of Molecular Microbiology and Biotechnology
• Fakulta / Pracoviště MU: Lékařská fakulta
• Doi: http://dx.doi.org/10.1159/000484524
• Obor: Genetika a molekulární biologie
• Klíčová slova: Catheter; Complex sample; Mixed chromatogram; PCR denaturing gradient gel electrophoresis; RipSeq Mixed
• Popis: Complex samples are a challenge for sequencing-based broad-range diagnostics. We analysed 19 urinary catheter, ureteral Double-J catheter, and urine samples using 3 methodological approaches. Out of the total 84 operational taxonomic units, 37, 61, and 88% were identified by culture, PCR-DGGE-SS (PCR denaturing gradient gel electrophoresis followed by Sanger sequencing), and PCR-DGGE-RM (PCR- DGGE combined with software chromatogram separation by RipSeq Mixed tool), respectively. The latter approach was shown to be an efficient tool to complement culture in complex sample assessment.

Související projekty

• Polymikrobiální biofilm jako příčina chronických močových infekcí a selhávání terapie: kultivační a PCR-DGGE diagnostika, význam a možnosti řešení
• Patogeneze a léčba humorální imunodeficiencí
• Polymikrobiální biofilm jako komplexní mikrobiom v rámci léčby nozokomiálních infekcí