Informace o publikaci

Genome sizes and genomic guanine+cytosine (GC) contents of the Czech vascular flora with new estimates for 1700 species

Název česky Velikost genomu a genomický obsah guaninu a cytosinu (GC) českých cévnatých rostlin s novými měřeními pro 1700 druhů
Autoři

ŠMARDA Petr KNÁPEK Ondřej ŠILEROVÁ Alexandra HOROVÁ Lucie GRULICH Vít DANIHELKA Jiří VESELÝ Pavel ŠMERDA Jakub ROTREKLOVÁ Olga BUREŠ Petr

Druh Článek v odborném periodiku
Časopis / Zdroj Preslia
Fakulta / Pracoviště MU

Přírodovědecká fakulta

Citace
www Full Text
Doi http://dx.doi.org/10.23855/preslia.2019.117
Klíčová slova chromosome number; Czech Republic; DNA base composition; DNA content; flow cytometry; GC content; genome size; life form; polyploidy; vascular plants
Přiložené soubory
Popis Obsah DNA v somatických, nereplikovaných jádrech buněk (velikost genomu) a bázové složení DNA (GC obsah) jsou základní genomické parametry, které lze měřit pomocí průtokové cytometrie. Velikost genomu, a tedy i ploidní úroveň mohou ovlivňovat četné vlastnosti rostlin, a proto se uvádějí v moderních biologických flórách a databázích biologických vlastností druhů. Velikost genomu se dosud měří převážně pro biosystematické účely a navzdory velkému rozvoji průtokové cytometrie v České republice tato informace pro mnohé druhy české květeny chybí. Biologický význam GC obsahu je oproti významu velikosti genomu zatím méně jasný, navíc se měří obtížněji, a proto jej neznáme u velké většiny druhů. V této práci přinášíme měření obou genomických parametrů pro většinu cévnatých rostlin české květeny. Celkem jsme naměřili nově velikosti genomu a genomický GC obsah pro 1908 vzorků 1700 druhů. Velikost genomu je zde poprvé uvedena pro více než 1000 druhů a obsah GC bází poprvé pro více než 1500 druhů, což více než zdvojnásobuje množství dosud známých údajů o obsahu GC bází u cévnatých rostlin. Spolu s dříve uveřejněnými údaji získanými v naší laboratoři na stejných přístrojích a stejnou metodikou jsou tak tyto údaje dostupné pro 1910 druhů české květeny (~83 % současné flóry bez apomiktů, přechodně zavlečných a vyhynulých druhů). Tyto údaje jsou uspořádány do tabulky a doplněny údaji o počtu chromozomů, ploidní úrovni a vypočtené monoploidní velikosti genomu. V článku přinášíme popisnou analýzu tohoto datového souboru a diskutujeme o některých cytogeograficky pozoruhodných poznatcích. Tento přehled představuje největší a nejúplnější soubor genomických dat pro květenu jednoho státu. Zde prezentované výsledky tvoří základ karyologické části české databáze druhových vlastností Pladias (www.pladias.cz) a budou využity pro analýzy evoluce a biologického významu obou měřených genomických parametrů.
Související projekty: