Informace o publikaci

Genome sizes and genomic guanine+cytosine (GC) contents of the Czech vascular flora with new estimates for 1700 species

Název česky Velikost genomu a genomický obsah guaninu a cytosinu (GC) českých cévnatých rostlin s novými měřeními pro 1700 druhů
Autoři

ŠMARDA Petr KNÁPEK Ondřej ŠILEROVÁ Alexandra HOROVÁ Lucie GRULICH Vít DANIHELKA Jiří VESELÝ Pavel ŠMERDA Jakub ROTREKLOVÁ Olga BUREŠ Petr

Rok publikování 2019
Druh Článek v odborném periodiku
Časopis / Zdroj Preslia
Fakulta / Pracoviště MU

Přírodovědecká fakulta

Citace
www Full Text
Doi http://dx.doi.org/10.23855/preslia.2019.117
Klíčová slova chromosome number; Czech Republic; DNA base composition; DNA content; flow cytometry; GC content; genome size; life form; polyploidy; vascular plants
Přiložené soubory
Popis Obsah DNA v somatických, nereplikovaných jádrech buněk (velikost genomu) a bázové složení DNA (GC obsah) jsou základní genomické parametry, které lze měřit pomocí průtokové cytometrie. Velikost genomu, a tedy i ploidní úroveň mohou ovlivňovat četné vlastnosti rostlin, a proto se uvádějí v moderních biologických flórách a databázích biologických vlastností druhů. Velikost genomu se dosud měří převážně pro biosystematické účely a navzdory velkému rozvoji průtokové cytometrie v České republice tato informace pro mnohé druhy české květeny chybí. Biologický význam GC obsahu je oproti významu velikosti genomu zatím méně jasný, navíc se měří obtížněji, a proto jej neznáme u velké většiny druhů. V této práci přinášíme měření obou genomických parametrů pro většinu cévnatých rostlin české květeny. Celkem jsme naměřili nově velikosti genomu a genomický GC obsah pro 1908 vzorků 1700 druhů. Velikost genomu je zde poprvé uvedena pro více než 1000 druhů a obsah GC bází poprvé pro více než 1500 druhů, což více než zdvojnásobuje množství dosud známých údajů o obsahu GC bází u cévnatých rostlin. Spolu s dříve uveřejněnými údaji získanými v naší laboratoři na stejných přístrojích a stejnou metodikou jsou tak tyto údaje dostupné pro 1910 druhů české květeny (~83 % současné flóry bez apomiktů, přechodně zavlečných a vyhynulých druhů). Tyto údaje jsou uspořádány do tabulky a doplněny údaji o počtu chromozomů, ploidní úrovni a vypočtené monoploidní velikosti genomu. V článku přinášíme popisnou analýzu tohoto datového souboru a diskutujeme o některých cytogeograficky pozoruhodných poznatcích. Tento přehled představuje největší a nejúplnější soubor genomických dat pro květenu jednoho státu. Zde prezentované výsledky tvoří základ karyologické části české databáze druhových vlastností Pladias (www.pladias.cz) a budou využity pro analýzy evoluce a biologického významu obou měřených genomických parametrů.
Související projekty: