Informace o publikaci

Measurements of genomic GC content in plant genomes with flow cytometry: a test for reliability

Název česky Měření genomického obsahu GC bazí v rostlinných genomech pomocí průtokové cytometrie: test věrohodnosti
Autoři

ŠMARDA Petr BUREŠ Petr ŠMERDA Jakub HOROVÁ Lucie

Rok publikování 2012
Druh Článek v odborném periodiku
Časopis / Zdroj New Phytologist
Fakulta / Pracoviště MU

Přírodovědecká fakulta

Citace
www stránka s abstraktem a pdf
Doi http://dx.doi.org/10.1111/j.1469-8137.2011.03942.x
Obor Botanika
Klíčová slova DNA base composition; flow cytometry; GC content; plant genomes; temperature DNA melting
Popis Znalost fylogenetického pattern a biologického významu bázového složení složení velkých eukaryotických genomů je nedostatečná. V posledním desetiletí se díky průtokové cytometrii (FCM) znalosti o bázovém (AT/GC) složení rostlinných genomů téměř zdvojnásobily. Nicméně přetrvává určitá nedůvěra týkající se spolehlivosti průtokové cytometrie ve vztahu k tomuto genomickému parametru. V naší práci jsme testovali spolehlivost FCM pro odhad genomického GC obsahu ve srovnání s biochemickou metodou analyzující teplotu tání DNA (TMA). Provedli jsme měření oběma metodami u 14 druhů rostlin pokrývajících maximálním rozsah v současné době známého obsahu GC u rostlinných genomů (33,6 až 47,5%). Také jsme analyzovali odhady obsahu GC v genomové sekvence s FCM v 11 druhů Oryza. FCM a TMA data spolu silně korelovala, a to i při poměrně širokém odhadu vazebné délky (3,39 - 4,09) uvažovaném pro bázově preferenční fluorochrom. Vysoká korelace byla zjištěna i mezi FCM a sekvenčními daty druhů rodu Oryza. Spolehlivost stanovení genomového obsahu bází pomocí průtokové cytometrie je srovnatelná s jinými alternativními metodami, a jeho širší uplatnění skýtá další prostor pro široký výzkum rostlinných genomů.
Související projekty: