Mgr. Jan Dvorský, Ph.D.

2022

• Fully automated virtual screening pipeline of FDA-approved drugs using Caver Web

  MUSIL Miloš JEŽÍK Andrej HAMŠÍKOVÁ Marie ŠTOURAČ Jan GALGONEK Jakub EYRILMEZ Saltuk Mustafa VONDRASEK Jiri DAMBORSKÝ Jiří BEDNÁŘ David

  Článek v odborném periodiku

  Computational and Structural Biotechnology Journal, rok: 2022, ročník: 20, vydání: November 2022, DOI

• LoopGrafter: a web tool for transplanting dynamical loops for protein engineering

  PLANAS IGLESIAS Joan OPÁLENÝ Filip ULBRICH Pavol ŠTOURAČ Jan SANUSI Zainab Kemi RANGEL PAMPLONA PIZARRO PINTO José Gaspar SMITH Andrea BYŠKA Jan DAMBORSKÝ Jiří KOZLÍKOVÁ Barbora BEDNÁŘ David

  Článek v odborném periodiku

  Nucleic acids research, rok: 2022, ročník: 50, vydání: W1, DOI

• Nástroj LoopGrafter

  PLANAS IGLESIAS Joan OPÁLENÝ Filip ULBRICH Pavol ŠTOURAČ Jan SANUSI Zainab Kemi RANGEL PAMPLONA PIZARRO PINTO José Gaspar SCHENKMAYEROVÁ A. BYŠKA Jan DAMBORSKÝ Jiří KOZLÍKOVÁ Barbora BEDNÁŘ David

  Projekty výzkumu a vývoje

  Rok: 2022, druh: Projekty výzkumu a vývoje

• PDBe-KB: collaboratively defining the biological context of structural data

  VARADI Mihaly ANYANGO Stephen ARMSTRONG David BERRISFORD John CHOUDHARY Preeti DESHPANDE Mandar NADZIRIN Nurul NAIR Sreenatha S. PRAVDA Lukas TANWEER Ahsan AL-LAZIKANI Bissan ANDREINI Claudia BARTON Geoffrey J. BEDNÁŘ David BERKA Karel BLUNDELL Tom BROCK Kelly P. MARIA CARAZO Jose DAMBORSKÝ Jiří DAVID Alessia DEY Sucharita DUNBRACK Roland RECIO Fernandez Juan FRATERNALI Franca GIBSON Toby HELMER-CITTERICH Manuela HOKSZA David HOPF Thomas JAKUBEC David KANNAN Natarajan KRIVAK Radoslav KUMAR Manjeet LEVY Emmanuel D. LONDON Nir MACIAS Jose Ramon SRIVATSAN Madhusudhan M. MARKS Debora S. MARTENS Lennart MCGOWAN Stuart A. MCGREIG Jake E. MODI Vivek PARRA Gonzalo R. PEPE Gerardo PIOVESAN Damiano PRILUSKY Jaime PUTIGNANO Valeria RADUSKY Leandro G. RAMASAMY Pathmanaban RAUSCH Atilio O. REUTER Nathalie RODRIGUEZ Luis A. ROLLINS Nathan J. ROSATO Antonio SERRANO Luis SINGH Gulzar SKODA Petr SORZANO Carlos Oscar S. ŠTOURAČ Jan SULKOWSKA Joanna I. SVOBODOVÁ Radka TICHSHENKO Natalia TOSATTO Silvio C. E. VRANKEN Wim WASS Mark N. XUE Dandan ZAIDMAN Daniel THORNTON Janet STERNBERG Michael ORENGO Christine VELANKAR Sameer

  Článek v odborném periodiku

  Nucleic acids research, rok: 2022, ročník: 50, vydání: D1, DOI

• PredictSNP Onco 1.0

  ŠTOURAČ Jan KHAN Rayyan Tariq BORKO Simeon POKORNÁ Petra DOBIÁŠ Adam RANGEL PAMPLONA PIZARRO PINTO José Gaspar ŠTĚRBA Jaroslav SLABÝ Ondřej DAMBORSKÝ Jiří BEDNÁŘ David

  Software

  Rok: 2022

• SoluProtMutDB: A manually curated database of protein solubility changes upon mutations

  VELECKÝ Jan HAMŠÍKOVÁ Marie ŠTOURAČ Jan MUSIL Miloš DAMBORSKÝ Jiří BEDNÁŘ David MAZURENKO Stanislav

  Článek v odborném periodiku

  Computational and Structural Biotechnology Journal, rok: 2022, ročník: 20, vydání: November 2022, DOI

• Virtual screening of potential anticancer drugs based on microbial products

  RANGEL PAMPLONA PIZARRO PINTO José Gaspar HENDRIKSE Natalie M. ŠTOURAČ Jan DAMBORSKÝ Jiří BEDNÁŘ David

  Článek v odborném periodiku

  Seminars in Cancer Biology, rok: 2022, ročník: 86, vydání: November 2022, DOI

2021

• Computational design of enzymes for biotechnological applications

  PLANAS IGLESIAS Joan MARQUES Sérgio Manuel RANGEL PAMPLONA PIZARRO PINTO José Gaspar MUSIL Miloš ŠTOURAČ Jan DAMBORSKÝ Jiří BEDNÁŘ David

  Článek v odborném periodiku

  Biotechnology Advances, rok: 2021, ročník: 47, vydání: March–April, DOI

• Computational enzyme design for metabolic engineering

  DAMBORSKÝ Jiří BEDNÁŘ David PROKOP Zbyněk MAREK Martin MAZURENKO Stanislav ŠTOURAČ Jan MARQUES Sérgio Manuel FONSECA PINTO Gabriela Filipa PLANAS IGLESIAS Joan MUSIL Miloš HON Jiří VÁVRA Ondřej KHAN Rayyan Tariq FILIPOVIČ Jiří KOZLÍKOVÁ Barbora

  Konferenční abstrakty

  Rok: 2021, druh: Konferenční abstrakty

• FireProt(ASR): A Web Server for Fully Automated Ancestral Sequence Reconstruction

  MUSIL Miloš KHAN Rayyan Tariq BEIER Andy ŠTOURAČ Jan KONEGGER Hannes DAMBORSKÝ Jiří BEDNÁŘ David

  Článek v odborném periodiku

  Briefings in Bioinformatics, rok: 2021, ročník: 22, vydání: 4, DOI