doc. RNDr. Vlastislav Dohnal, Ph.D.

2024

• AlphaFind: Discover structure similarity across the entire known proteome

  PROCHÁZKA David SLANINÁKOVÁ Terézia OĽHA Jaroslav ROŠINEC Adrián GREŠOVÁ Katarína JÁNOŠOVÁ Miriama ČILLÍK Jakub PORUBSKÁ Jana SVOBODOVÁ Radka DOHNAL Vlastislav ANTOL Matej

  Výzkumná zpráva

  Rok: 2024

• AlphaFind: Discover structure similarity across the entire known proteome – data and model

  NOVOTNÁ Lucie SLANINÁKOVÁ Terézia PROCHÁZKA David HEJTMÁNEK Lukáš GREŠOVÁ Katarína OĽHA Jaroslav DOHNAL Vlastislav ROŠINEC Adrián ANTOL Matej

  Specializovaná databáze

  Rok: 2024, druh: Specializovaná databáze

• AlphaFind: discover structure similarity across the proteome in AlphaFold DB

  PROCHÁZKA David SLANINÁKOVÁ Terézia OĽHA Jaroslav ROŠINEC Adrián GREŠOVÁ Katarína JÁNOŠOVÁ Miriama ČILLÍK Jakub PORUBSKÁ Jana SVOBODOVÁ Radka DOHNAL Vlastislav ANTOL Matej

  Článek v odborném periodiku

  Nucleic acids research, rok: 2024, ročník: 52, vydání: W1, DOI

• Fast, structure-based searching in a large-scale protein data repository

  SLANINÁKOVÁ Terézia GREŠOVÁ Katarína PROCHÁZKA David SPIŠAKOVÁ Viktória ROŠINEC Adrián ČILLÍK Jakub ŠPRINGEROVÁ Pavlína KŘENEK Aleš DOHNAL Vlastislav SVOBODOVÁ Radka ANTOL Matej

  Konferenční abstrakty

  Rok: 2024, druh: Konferenční abstrakty

• GraSR: Protein structural embeddings of AlphaFold DB

  NOVOTNÁ Lucie SLANINÁKOVÁ Terézia PROCHÁZKA David HEJTMÁNEK Lukáš ROŠINEC Adrián OĽHA Jaroslav GREŠOVÁ Katarína DOHNAL Vlastislav ANTOL Matej

  Projekty výzkumu a vývoje

  Rok: 2024, druh: Projekty výzkumu a vývoje

• LMI-10: Protein structural embeddings of AlphaFold DB

  NOVOTNÁ Lucie SLANINÁKOVÁ Terézia PROCHÁZKA David HEJTMÁNEK Lukáš ROŠINEC Adrián OĽHA Jaroslav GREŠOVÁ Katarína DOHNAL Vlastislav ANTOL Matej

  Projekty výzkumu a vývoje

  Rok: 2024, druh: Projekty výzkumu a vývoje

• LMI-30: Protein structural embeddings of AlphaFold DB

  NOVOTNÁ Lucie SLANINÁKOVÁ Terézia PROCHÁZKA David HEJTMÁNEK Lukáš ROŠINEC Adrián OĽHA Jaroslav GREŠOVÁ Katarína DOHNAL Vlastislav ANTOL Matej

  Projekty výzkumu a vývoje

  Rok: 2024, druh: Projekty výzkumu a vývoje

2023

• Reproducible experiments with Learned Metric Index Framework

  SLANINÁKOVÁ Terézia ANTOL Matej OĽHA Jaroslav DOHNAL Vlastislav LADRA Susana MARTÍNEZ-PRIETO Miguel A.

  Článek v odborném periodiku

  Information systems, rok: 2023, ročník: 118, vydání: 1, DOI

• SISAP 2023 Indexing Challenge – Learned Metric Index

  SLANINÁKOVÁ Terézia PROCHÁZKA David ANTOL Matej OĽHA Jaroslav DOHNAL Vlastislav

  Článek ve sborníku

  Similarity Search and Applications. SISAP 2023. Lecture Notes in Computer Science, vol 14289, rok: 2023

2022

• Learned Indexing in Proteins: Extended Work on Substituting Complex Distance Calculations with Embedding and Clustering Techniques

  OĽHA Jaroslav SLANINÁKOVÁ Terézia GENDIAR Martin ANTOL Matej DOHNAL Vlastislav

  Výzkumná zpráva

  Rok: 2022