Ing. Matej Lexa, Ph.D.

2022

• HiC-TE: a computational pipeline for Hi-C data analysis to study the role of repeat family interactions in the genome 3D organization

  LEXA Matej ČECHOVÁ Monika NGUYEN Son Hoang JEDLIČKA Pavel TOKAN Viktor KUBÁT Zdeněk HOBZA Roman KEJNOVSKÝ Eduard

  Článek v odborném periodiku

  BIOINFORMATICS, rok: 2022, ročník: 38, vydání: 16, DOI

2021

• Escherichia coli Strains Producing Selected Bacteriocins Inhibit Porcine Enterotoxigenic Escherichia coli (ETEC) under both In Vitro and In Vivo Conditions

  HRALA Matěj BOSÁK Juraj MICENKOVÁ Lenka KŘENOVÁ Jitka LEXA Matej PIRKOVÁ Viktória TOMASTIKOVA Zuzana KOLÁČKOVÁ Ivana ŠMAJS David

  Článek v odborném periodiku

  Applied and Environmental Microbiology, rok: 2021, ročník: 87, vydání: 14, DOI

• Letter to the Editor: Significant mutation enrichment in inverted repeat sites of new SARS-CoV-2 strains

  BARTAS Martin GOSWAMI Pratik LEXA Matej ČERVEŇ Jiří VOLNÁ Adriana FOJTA Miroslav BRAZDA Vaclav PEČINKA Petr

  Článek v odborném periodiku

  Briefings in Bioinformatics, rok: 2021, ročník: 22, vydání: 5, DOI

• Patients With Common Variable Immunodeficiency (CVID) Show Higher Gut Bacterial Diversity and Levels of Low-Abundance Genes Than the Healthy Housemates

  BOSÁK Juraj LEXA Matej FIEDOROVÁ Kristýna GADARA Darshak Chandulal MICENKOVÁ Lenka SPÁČIL Zdeněk LITZMAN Jiří FREIBERGER Tomáš ŠMAJS David

  Článek v odborném periodiku

  Frontiers in Immunology, rok: 2021, ročník: 12, vydání: May 2021, DOI

• SARS-CoV-2 hot-spot mutations are significantly enriched within inverted repeats and CpG island loci

  GOSWAMI Pratik BARTAS Martin LEXA Matej BOHÁLOVÁ Natália VOLNÁ Adriana ČERVEŇ Jiří ČERVEŇOVÁ Veronika PEČINKA Petr ŠPUNDA Vladimír FOJTA Miroslav BRÁZDA Václav

  Článek v odborném periodiku

  Briefings in Bioinformatics, rok: 2021, ročník: 22, vydání: 2, DOI

2020

• pqsfinder web: G-quadruplex prediction using optimized pqsfinder algorithm

  LABUDOVÁ Dominika HON Jiří LEXA Matej

  Článek v odborném periodiku

  Bioinformatics, rok: 2020, ročník: 36, vydání: 8, DOI

• TE-greedy-nester: structure-based detection of LTR retrotransposons and their nesting

  LEXA Matej JEDLICKA Pavel VANÁT Ivan ČERVEŇANSKÝ Michal KEJNOVSKÝ Eduard

  Článek v odborném periodiku

  Bioinformatics, rok: 2020, ročník: 36, vydání: 20, DOI

• What Can Long Terminal Repeats Tell Us About the Age of LTR Retrotransposons, Gene Conversion and Ectopic Recombination?

  JEDLICKA Pavel LEXA Matej KEJNOVSKÝ Eduard

  Článek v odborném periodiku

  Frontiers in Plant Science, rok: 2020, ročník: 11, vydání: 644, DOI

2019

• Bacterial and fungal gut microbiota analysis in common variable immunodeficiency (CVID) disorders: paired case-control study

  FIEDOROVÁ Kristýna RADVANSKÝ Matěj BOSÁK Juraj GROMBIŘÍKOVÁ Hana NĚMCOVÁ Eva KRÁLÍČKOVÁ Pavlína ČERNOCHOVÁ Michaela KOTÁSKOVÁ Iva LEXA Matej LITZMAN Jiří ŠMAJS David FREIBERGER Tomáš

  Konferenční abstrakty

  Rok: 2019, druh: Konferenční abstrakty

• Bacterial but Not Fungal Gut Microbiota Alterations Are Associated With Common Variable Immunodeficiency (CVID) Phenotype

  FIEDOROVÁ Kristýna RADVANSKÝ Matěj BOSÁK Juraj GROMBIŘÍKOVÁ Hana NĚMCOVÁ Eva KRÁLÍČKOVÁ Pavlina ČERNOCHOVÁ Michaela KOTÁSKOVÁ Iva LEXA Matej LITZMAN Jiří ŠMAJS David FREIBERGER Tomáš

  Článek v odborném periodiku

  Frontiers in Immunology, rok: 2019, ročník: 10, vydání: 1914, DOI