doc. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D.

2025

• GOLEM: A tool for visualizing the distribution of Gene regulatOry eLEMents within the plant promoters with a focus on male gametophyte

  NEVOSÁD Lukáš KLODOVÁ Božena RUDOLF Jiří RAČEK Tomáš PŘEROVSKÁ Tereza KUSOVÁ Alžbeta SVOBODOVÁ Radka HONYS David PROCHÁZKOVÁ SCHRUMPFOVÁ Petra

  Článek v odborném periodiku

  Plant Journal, rok: 2025, ročník: 121, vydání: 5, DOI

• GROMACS MetaDump

  ROŠINEC Adrián SLANINÁKOVÁ Terézia PAVLÍK Tomáš RANDIAK Róbert SVOBODA Tomáš RAČEK Tomáš BUČEKOVÁ Gabriela SCHINDLER Ondřej ANTOL Matej KŘENEK Aleš BERKA Karel SVOBODOVÁ Radka

  Software

  Rok: 2025

• Gromacs MetaDump: a tool for extracting GROMACS simulation metadata

  ROŠINEC Adrián SLANINÁKOVÁ Terézia PAVLÍK Tomáš RANDIAK Róbert SVOBODA Tomáš RAČEK Tomáš BUČEKOVÁ Gabriela SCHINDLER Ondřej ANTOL Matej KŘENEK Aleš BERKA Karel SVOBODOVÁ Radka

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Cheminformatics, rok: 2025, ročník: 17, vydání: 1, DOI

• MOLEonline: a web-based tool for analysing channels, tunnels and pores (2025 update)

  RAČEK Tomáš VEĽKÝ Dušan BUČEKOVÁ Gabriela SCHINDLER Ondřej HUTAŘOVÁ VAŘEKOVÁ Ivana ŠPAČKOVÁ Anna BAZGIER Václav BERKA Karel SVOBODOVÁ Radka

  Článek v odborném periodiku

  Bioinformatics, rok: 2025, ročník: 41, vydání: 9, DOI

• PDBCharges: Quantum-mechanical partial atomic charges for PDB structures

  BUČEKOVÁ Gabriela SCHINDLER Ondřej SVOBODA Tomáš ROŠINEC Adrián RAČEK Tomáš TICHÝ Dominik SVOBODOVÁ Radka

  Konferenční abstrakty

  Rok: 2025, druh: Konferenční abstrakty

• PDBCharges: Quantum-Mechanical Partial Atomic Charges for PDB Structures

  SCHINDLER Ondřej SVOBODA Tomáš ROŠINEC Adrián RAČEK Tomáš BUČEKOVÁ Gabriela TICHÝ Dominik BERKA Karel SVOBODOVÁ Radka

  Článek v odborném periodiku

  Nucleic Acids Research, rok: 2025, ročník: 53, vydání: W1, DOI

2024

• AlphaFind — discover structure similarity across the proteome in AlphaFold DB

  GREŠOVÁ Katarína ŠPRINGEROVÁ Pavlína SLANINÁKOVÁ Terézia PROCHÁZKA David OĽHA Jaroslav ROŠINEC Adrián JÁNOŠOVÁ Miriama ČILLÍK Jakub PORUBSKÁ Jana SVOBODOVÁ Radka DOHNAL Vlastislav ANTOL Matej

  Konferenční abstrakty

  Rok: 2024, druh: Konferenční abstrakty

• AlphaFind — discover structure similarity across the proteome in AlphaFold DB

  SLANINÁKOVÁ Terézia PROCHÁZKA David OĽHA Jaroslav ROŠINEC Adrián GREŠOVÁ Katarína ČILLÍK Jakub JÁNOŠOVÁ Miriama PORUBSKÁ Jana SVOBODOVÁ Radka DOHNAL Vlastislav ANTOL Matej

  Konferenční abstrakty

  Rok: 2024, druh: Konferenční abstrakty

• AlphaFind: Discover structure similarity across the entire known proteome

  PROCHÁZKA David SLANINÁKOVÁ Terézia OĽHA Jaroslav ROŠINEC Adrián GREŠOVÁ Katarína JÁNOŠOVÁ Miriama ČILLÍK Jakub PORUBSKÁ Jana SVOBODOVÁ Radka DOHNAL Vlastislav ANTOL Matej

  Výzkumná zpráva

  Rok: 2024

• AlphaFind: discover structure similarity across the proteome in AlphaFold DB

  PROCHÁZKA David SLANINÁKOVÁ Terézia OĽHA Jaroslav ROŠINEC Adrián GREŠOVÁ Katarína JÁNOŠOVÁ Miriama ČILLÍK Jakub PORUBSKÁ Jana SVOBODOVÁ Radka DOHNAL Vlastislav ANTOL Matej

  Článek v odborném periodiku

  Nucleic acids research, rok: 2024, ročník: 52, vydání: W1, DOI