Informace o projektu

Specifické iontové efekty pro proteiny v roztocích a podobné biologicky relevantní systémy

Kód projektu
GA203/08/0114
Období řešení
1/2008 - 12/2012
Investor/Program
Grantová agentura ČR
Programový rámec / typ projektu
Standardní projekty
Fakulta/Pracoviště MU
Přírodovědecká fakulta
Klíčová slova
ionty solí, enzymatické reakce, membrány, molekulová dynamika, fluorescenční spektroskopie
Spolupracujici organizace
Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích
Ústav fyzikální biologie JČU České Budějovice
Odpovědná osoba Doc. RNDr. Rüdiger Ettrich Ph.D.
Ústav fyzikální chemie
Odpovědná osoba doc. Martin Hof Dr.
Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v.v.i.
Odpovědná osoba Doc. Mgr. Pavel Jungwirth CSc.

Mechanismus hydratace iontů a interakce iontů s biomolekulami hrají důležitou roli v mnoha přírodních a biotechnologických procesech. V rámci tohoto projektu plánujeme kombinovat výpočetní a experimentální nástroje s cílem dojít k základnímu porozumění těchto interakcí na molekulové úrovni. Soustředíme se na iontově specifické interakce s proteiny ve vodných a nevodných roztocích a na lipidových membránách. Pečlivě naplánované simulace molekulové dynamiky a expeerimenty nám vposledu dovolí formulovat obecná pravidla, řídící interakce biologicky relevantních iontů se solvatovanými proteiny a membránami, a racionalizovat iontové efekty na aktivitu enzymů.

Publikace

2014

Retro operation on the Trp-cage miniprotein sequence produces an unstructured molecule capable of folding similar to the original only upon 2,2,2-trifluoroethanol addition

VYMETAL Jiří — BATHULA Sreenivas Reddy — ČERNÝ Jiří — CHALOUPKOVÁ RadkaŽÍDEK LukášSKLENÁŘ Vladimír — VONDRÁŠEK Jiří

2013

Engineering Enzyme Stability and Resistance to an Organic Cosolvent by Modification of Residues in the Access Tunnel

KOUDELÁKOVÁ TáňaCHALOUPKOVÁ RadkaBREZOVSKÝ JanPROKOP ZbyněkŠEBESTOVÁ Eva — HESSELER M. — KHABIRI M. — PLEVAKA M. — KULIK D. — KUTA SMATANOVA I. — REZACOVA P. — ETTRICH R. — BORNSCHEUER U.T. — DAMBORSKÝ Jiří

Expansion of Access Tunnels and Active-Site Cavities Influence Activity of Haloalkane Dehalogenases in Organic Cosolvents.

ŠTĚPÁNKOVÁ Veronika — KHABIRI M. — BREZOVSKÝ JanPAVELKA Antonín — SYKORA J. — AMARO M. — MINOFAR B. — PROKOP Zbyněk — HOF M. — ETTRICH R. — CHALOUPKOVÁ RadkaDAMBORSKÝ Jiří

Haloalkane dehalogenases: Biotechnological applications

KOUDELÁKOVÁ TáňaBIDMANOVÁ ŠárkaDVOŘÁK PavelPAVELKA AntonínCHALOUPKOVÁ RadkaPROKOP ZbyněkDAMBORSKÝ Jiří

Interaction of Organic Solvents with Protein Structures at Protein-Solvent Interface

KHABIRI M. — MINOFAR B. — BREZOVSKÝ JanDAMBORSKÝ Jiří — ETTRICH R.

Novosphingobium barchaimii sp nov., isolated from hexachlorocyclohexane-contaminated soil

NIHARIKA Neha — MOSKALÍKOVÁ Hana — KAUR Jasvinder — SEDLÁČKOVÁ MiroslavaHAMPL AlešDAMBORSKÝ JiříPROKOP Zbyněk — LAL Rup

Organic Co-solvents Affect Activity, Stability and Enantioselectivity of Haloalkane Dehalogenases

ŠTĚPÁNKOVÁ VeronikaDAMBORSKÝ JiříCHALOUPKOVÁ Radka

Sphingobium baderi sp nov., isolated from a hexachlorocyclohexane dump site

KAUR Jasvinder — MOSKALÍKOVÁ Hana — NIHARIKA Neha — SEDLÁČKOVÁ MiroslavaHAMPL AlešDAMBORSKÝ JiříPROKOP Zbyněk — LAL Rup

Sphingobium czechense sp nov., isolated from a hexachlorocyclohexane dump site

NIHARIKA Neha — MOSKALÍKOVÁ Hana — KAUR Jasvinder — KHAN Fazlurrahman — SEDLÁČKOVÁ MiroslavaHAMPL AlešDAMBORSKÝ JiříPROKOP Zbyněk — LAL Rup

2011

Computer-Assisted Enzyme Engineering by Modification of Tunnels, Channels and Gates.

GORA Artur Wiktor — BREZOVSKÝ JanDAMBORSKÝ Jiří

Předchozí 1 2 3 4 Další

Používáte starou verzi internetového prohlížeče. Doporučujeme aktualizovat Váš prohlížeč na nejnovější verzi.

Další info