Informace o projektu
Klasifikace miRNA vazebných míst nezávisle na „seed” oblasti
- Kód projektu
- GJ19-10976Y (kod CEP: GJ19-10976Y)
- Období řešení
- 1/2019 - 12/2021
- Investor / Programový rámec / typ projektu
-
Grantová agentura ČR
- Juniorské granty
- Fakulta / Pracoviště MU
- Středoevropský technologický institut
Argonaut proteiny (Ago) využívají miRNA jako naváděcí sekvence pro vazbu specifických RNA,aby mohly regulovat jejich hladinu a překlad. Nové sekvenační metody (CLIP-Seq) umožňují identifikaci vazebných miRNA míst na úrovni celého transkriptomu, ale nemohou přesně určit odpovídající miRNA. Pro tento účel jsou běžně používány heuristiky založené na kanonických
„seed” sekvencích. Objev chimérických čtení (miRNA-cíl hybridy) ukazuje asi 60% nekanonických spojení. Navrhujeme vytvoření knihoven s hlubokým pokrytím obohacených o chiméry pomocí techniky CLASH pro dva Ago proteiny (Ago1 a Ago2). Použijeme modifikovanou metodu pro identifikaci chimérických čtení, abychom vytvořili vysoce kvalitní tréninkový datový soubor párů miRNA-cíl. Ke klasifikaci vazebných míst a odpovídajícím miRNA natrénujeme Deep Learning model, který bude nezávislý na kanonických „seedech”. Na závěr prozkoumáme podobnosti a rozdíly mezi vazbami miRNA, které jsou spojeny s proteiny Ago1 a Ago2, stejně tak jako univerzální vlastnosti miRNA vazeb.
Publikace
Počet publikací: 6
2023
-
Analysis of chimeric reads characterises the diverse targetome of AGO2-mediated regulation
Scientific Reports, rok: 2023, ročník: 13, vydání: 1, DOI
-
Using Attribution Sequence Alignment to Interpret Deep Learning Models for miRNA Binding Site Prediction
Biology, rok: 2023, ročník: 12, vydání: 3, DOI
2022
-
miRBind: A Deep Learning Method for miRNA Binding Classification
GENES, rok: 2022, ročník: 13, vydání: 12, DOI
-
Noncanonical small RNA chimeras identified by AGO2-CLASH
Rok: 2022, druh: Konferenční abstrakty
-
Small RNA Targets: Advances in Prediction Tools and High-Throughput Profiling
BIOLOGY-BASEL, rok: 2022, ročník: 11, vydání: 12, DOI
2020
-
Multi-branch Convolutional Neural Network for Identification of Small Non-coding RNA genomic loci
Scientific reports, rok: 2020, ročník: 10, vydání: 1, DOI