Informace o projektu

Klasifikace miRNA vazebných míst nezávisle na „seed” oblasti

Kód projektu
GJ19-10976Y (kod CEP: GJ19-10976Y)
Období řešení
1/2019 - 12/2021
Investor / Programový rámec / typ projektu
Grantová agentura ČR
Fakulta / Pracoviště MU
Středoevropský technologický institut

Argonaut proteiny (Ago) využívají miRNA jako naváděcí sekvence pro vazbu specifických RNA,aby mohly regulovat jejich hladinu a překlad. Nové sekvenační metody (CLIP-Seq) umožňují identifikaci vazebných miRNA míst na úrovni celého transkriptomu, ale nemohou přesně určit odpovídající miRNA. Pro tento účel jsou běžně používány heuristiky založené na kanonických
„seed” sekvencích. Objev chimérických čtení (miRNA-cíl hybridy) ukazuje asi 60% nekanonických spojení. Navrhujeme vytvoření knihoven s hlubokým pokrytím obohacených o chiméry pomocí techniky CLASH pro dva Ago proteiny (Ago1 a Ago2). Použijeme modifikovanou metodu pro identifikaci chimérických čtení, abychom vytvořili vysoce kvalitní tréninkový datový soubor párů miRNA-cíl. Ke klasifikaci vazebných míst a odpovídajícím miRNA natrénujeme Deep Learning model, který bude nezávislý na kanonických „seedech”. Na závěr prozkoumáme podobnosti a rozdíly mezi vazbami miRNA, které jsou spojeny s proteiny Ago1 a Ago2, stejně tak jako univerzální vlastnosti miRNA vazeb.

Publikace

Počet publikací: 1


Používáte starou verzi internetového prohlížeče. Doporučujeme aktualizovat Váš prohlížeč na nejnovější verzi.

Další info