Strukturní a funkční studium lidské exoribonukleázy

Posttrankripční modifikace RNA hrají důležitou roli ve správném fungování lidských buněk. Modifikace RNA může vést nejenom zajištění transportu a správné translace u kódujících RNA, ale úpravy především 3‘ konce nekódujících RNA hrají významnou roli v určování jejich osudu v buňce. Přidávání koncových nukleotidů může vést k stabilizaci molekul, jejich maturaci a správné funkci. Tyto systémy hrají také významnou roli v přesném načasování degradace konkrétních molekul RNA, a to včetně miRNA, a tak se významně podílí na posttrankripční regulaci genové exprese.
Těchto modifikací se účastní proteiny schopné adice koncových nukleotidů na 3‘ konce molekul (například proteinová rodina TENT) (Yu a Kim, 2020) a stejně tak exoribonukleázy schopné díky této modifikaci molekuly RNA rozpoznávat a degradovat (například protein DIS3L2) (Ustianenko et al., 2016).
Do laboratoře prof. Vaňáčové byl od španělských spolupracovníků dovezena exoribonukleáza ISG20L2, která byla v minulosti spojena s procesováním ribosomální RNA a současně s funkcí během aktivace T-lymfocytů. Cílem této diplomové práce bude bližší strukturní a funkční charakterizace tohoto proteinu a jeho substrátové specifity. Studentka připraví funkční konstrukt pro produkci tohoto proteinu v lidských tkáňových kulturách, vytvoří stabilní buněčnou linii pro jeho produkci a pozdější experimentální určení proteinové struktury. Protein bude dále studován pomocí radioaktivních degradačních esejí in vitro a analyzován s navázánými RNA in vivo.