Informace o projektu

Biofyzika a bioinformatika genomových fragmentů DNA velice bohatých na guanin a adenin

Kód projektu
IAA500040903
Období řešení
1/2009 - 12/2013
Investor/Program
Akademie věd ČR
Fakulta/Pracoviště MU
Středoevropský technologický institut
Klíčová slova
DNA; primary structure; secondary structure; genomes; biophysics; bioinformatics; CD spectroscopy; NMR spectroscopy; gel electrophoresis; PCR; photochemistry; UV spectroscopy; crystal structures
Spolupracujici organizace
Akademie věd České republiky
Biofyzikální ústav AV ČR, v.v.i.

Provedeme bioinformatickou analýzu lidského, šimpanzího a dalších genomů s cílem identifikovat a lokalizovat nejdelší úseky s extrémně vysokým obsahem guaninu a adeninu v jednom řetězci DNA. Výsledky pro jednotlivé genomy porovnáme pro pochopení jejich funkce. Pomocí NMR spektroskopie určíme detailní molekulární strukturu (GA)n a (GAA)n.Pomocí CD spektroskopie a gelové elektroforézy porovnáme sekundární strukturu vybraných fragmentů příbuzných (GA)n a (GAA)n. Pomocí PCR určíme jejich náchylnost k prodlužování, které má vztah k evoluci genomů a jejich patologickým změnám. Vyvineme fotochemické metody pro stanovení sekundární struktury fragmentů (G+A) v genomovém kontextu. Empirická analýza krystalových struktur DNA bude sloužit k nalezení zákonitostí vertikálního vrstvení a vodíkového párování fragmentů (G+A). Projekt přispěje k pochopení úlohy, kterou v genomech hrají velmi dlouhé úseky s extrémním obsahem guaninu a adeninu v jednom řetězci DNA.

Používáte starou verzi internetového prohlížeče. Doporučujeme aktualizovat Váš prohlížeč na nejnovější verzi.

Další info