Informace o publikaci

CaverDock: a molecular docking-based tool to analyse ligand transport through protein tunnels and channels

Název česky CaverDock: na molekulovém dokingu založený nástroj k analýze transportu ligandu skrz tunely a kanály v proteinech
Autoři

VÁVRA Ondřej FILIPOVIČ Jiří PLHÁK Jan BEDNÁŘ David MARQUES Sérgio Manuel BREZOVSKÝ Jan ŠTOURAČ Jan MATYSKA Luděk DAMBORSKÝ Jiří

Druh Článek v odborném periodiku
Časopis / Zdroj Bioinformatics
Fakulta / Pracoviště MU

Přírodovědecká fakulta

Citace
WWW https://academic.oup.com/bioinformatics/advance-article/doi/10.1093/bioinformatics/btz386/5488163
Doi http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btz386
Popis Motivace Tunely a kanály v proteinech jsou klíčové transportní cesty, které umožňují ligandům projít mezi vnějším a vnitřním prostředí proteinu. Tyto funkčně důležité strukturní vlastnosti přitahují detailní pozornost. Experimentální studium navázání a odchodu ligandu je složité, zatímco studium pomocí molekulové dynamiky může být časově a výpočetně náročné. Výsledky CaverDock je nový softwareový nástroj pro analýzu průchodu ligandu skrz biomolekuly. Tato metoda využívá optimalizovaný dokovací algoritmus z AutoDock Vina pro umístění ligandu a implementuje paralelní heuristický algoritmus k prohledávání prostoru možných trajektorií. Čas simulací vyžaduje od munut po několik hodin. V tomto článku vysvětlujeme implementaci metody a demonstrujeme použitelnost CaverDocku pomocí: (i) porovnání výsledků s ostatními dostupnými nástroji, (ii) určení robustnosti na velkém ensamblu ligandů a (iii) analýzy a porovnání trajektorií ligandu v uměle modifikovaných tunelech. Testování potvrzuejže CaverDock je použitelný pro rychlou analýzu navázání a odchodu ligandu ve fundamentální enzymologii a proteinovém inženýrství.