Informace o publikaci

Acquiarium: Free Software for the Acquisition and Analysis of 3D Images of Cells in Fluorescence Microscopy

Název česky Acquiarium: Volný software na snímání a analýzy 3D obrazů buněk ve fluorescenční mikroskopii
Autoři

MATULA Pavel MAŠKA Martin DANĚK Ondřej MATULA Petr KOZUBEK Michal

Druh Článek ve sborníku
Konference IEEE International Symposium on Biomedical Imaging
Fakulta / Pracoviště MU

Fakulta informatiky

Citace
www http://dx.doi.org/10.1109/ISBI.2009.5193258
Obor Počítačový hardware a software
Klíčová slova free software; fluorescence microscopy; image acqusition; 3D image analysis; image cytometry
Popis Článek popisuje volný software (nazývaný Acquiarium, http://cbia.fi.muni.cz/acquiarium.html) k provádění sledu kroků, který se objevuje v mnoha studiích buněk pomocí fluorescenční mikroskopie. Software pojímá zachycení obrazu, korekci surových dat, segmentaci obrazu, kvantifikaci a prostorová měření segmentovaných objektů, objemové vizualizace, a statistické vyhodnocení. Software je navržen pro snadné zpracování kolekce mnoha 3D obrazů. Může však být použitý i pro analýzu kolekce 2D obrazu nebo časové série 2D nebo 3D obrazů. Má modulární návrh a je rozšiřitelný pomocí zásuvných modulů. Článek podává základní přehled o softwarů a jeho klíčových myšlenkách.
Související projekty: