Informace o publikaci
Acquiarium: Free Software for the Acquisition and Analysis of 3D Images of Cells in Fluorescence Microscopy
| Název česky | Acquiarium: Volný software na snímání a analýzy 3D obrazů buněk ve fluorescenční mikroskopii |
|---|---|
| Autoři | |
| Rok publikování | 2009 |
| Druh | Článek ve sborníku |
| Konference | IEEE International Symposium on Biomedical Imaging |
| Fakulta / Pracoviště MU | |
| Citace | |
| www | http://dx.doi.org/10.1109/ISBI.2009.5193258 |
| Obor | Počítačový hardware a software |
| Klíčová slova | free software; fluorescence microscopy; image acqusition; 3D image analysis; image cytometry |
| Popis | Článek popisuje volný software (nazývaný Acquiarium, http://cbia.fi.muni.cz/acquiarium.html) k provádění sledu kroků, který se objevuje v mnoha studiích buněk pomocí fluorescenční mikroskopie. Software pojímá zachycení obrazu, korekci surových dat, segmentaci obrazu, kvantifikaci a prostorová měření segmentovaných objektů, objemové vizualizace, a statistické vyhodnocení. Software je navržen pro snadné zpracování kolekce mnoha 3D obrazů. Může však být použitý i pro analýzu kolekce 2D obrazu nebo časové série 2D nebo 3D obrazů. Má modulární návrh a je rozšiřitelný pomocí zásuvných modulů. Článek podává základní přehled o softwarů a jeho klíčových myšlenkách. |
| Související projekty: |