Informace o publikaci
Acquiarium: Free Software for the Acquisition and Analysis of 3D Images of Cells in Fluorescence Microscopy
Název česky | Acquiarium: Volný software na snímání a analýzy 3D obrazů buněk ve fluorescenční mikroskopii |
---|---|
Autoři | |
Rok publikování | 2009 |
Druh | Článek ve sborníku |
Konference | IEEE International Symposium on Biomedical Imaging |
Fakulta / Pracoviště MU | |
Citace | |
www | http://dx.doi.org/10.1109/ISBI.2009.5193258 |
Obor | Počítačový hardware a software |
Klíčová slova | free software; fluorescence microscopy; image acqusition; 3D image analysis; image cytometry |
Popis | Článek popisuje volný software (nazývaný Acquiarium, http://cbia.fi.muni.cz/acquiarium.html) k provádění sledu kroků, který se objevuje v mnoha studiích buněk pomocí fluorescenční mikroskopie. Software pojímá zachycení obrazu, korekci surových dat, segmentaci obrazu, kvantifikaci a prostorová měření segmentovaných objektů, objemové vizualizace, a statistické vyhodnocení. Software je navržen pro snadné zpracování kolekce mnoha 3D obrazů. Může však být použitý i pro analýzu kolekce 2D obrazu nebo časové série 2D nebo 3D obrazů. Má modulární návrh a je rozšiřitelný pomocí zásuvných modulů. Článek podává základní přehled o softwarů a jeho klíčových myšlenkách. |
Související projekty: |