Informace o publikaci

FastGrid -- The Accelerated AutoGrid Potential Maps Generation for Molecular Docking

Název česky FastGrid -- FastGrid -- akcelerovaný výpočet potenciálových map pro molekulový docking
Autoři

OLŠÁK Marek FILIPOVIČ Jiří PROKOP Martin

Druh Článek ve sborníku
Konference MEMICS 2009: Fifth Doctoral Workshop on Mathematical and Engineering Methods in Computer Science
Fakulta / Pracoviště MU

Přírodovědecká fakulta

Citace
Obor Informatika
Klíčová slova molecular docking; autogrid; autodock; acceleration; GPU; high performance computing
Popis Balík AutoDock, široce používaný software pro molekulový docking, je složen ze dvou programů -- AutoGridu pro předvýpočet potenciálových map a AutoDocku pro dokování do těchto map. V tomto článku je prezentována akcelerace generování potenciálových map založená na AutoGridu a její implementace nazvaná FastGrid. Nejvýce časově náročné algoritmy jsou akcelerovány s použitím GPU, zbytek algoritmů běží na CPU v nižší časové složitosti, které bylo dosaženo použitím více sofistikovaných datových struktur, než v originálním AutoGridu. CPU implementace je také paralelizována, aby plně využila výpočetní sílu strojů majících více CPU jader než GPU procesorů. Výkon načí implementace překoná originální AutoGrid více než 400x pro velké, avšak poměrně obvyklé molekuly a dostatečně velké mřížky potenciálových map.
Související projekty: