Informace o publikaci

Distribuované zpracování obrazu pro virtuální mikroskop

Autoři

HEJTMÁNEK Lukáš FEIT Josef

Druh Prezentace v oblasti VaV (AV tvorba, WEB aplikace apod.)
Fakulta / Pracoviště MU

Ústav výpočetní techniky

Citace
Popis Rozhraní virtuálního mikroskopu je součástí hypertextového dermatopatologického atlasu, atlasu fetální a novorozenecké patologie a hypertextového atlasu patologie (http://www.muni.cz/atlases). Tyto atlasy nabízejí velké množství klinických, makroskopických a mikroskopických obrázků spolu s krátkými vysvětlujícími popisy. Obrázky (preparáty) jsou snímány mikroskopem s vysokým rozlišením a pomocí digitální snímací kamery jsou importovány do obslužného počítače. Každý preparát je snímán v několika fokusovacích rovinách, které umožňují virtuálnímu mikroskopu přeostřovat. Snímek jednoho preparátu v jedné fokusovací rovině je tvořen maticí dlaždic. V digitální podobě je každá dlaždice reprezentována souborem s rozlišením 2500x1900 bodů. V jednom preparátu je více než 30000 dlaždic. Zpracování snímků mikroskopu je nejen výpočetně náročné, ale vyžaduje poměrně velkou šířku pásma pro přístup k disku a některé operace spotřebují i velké množství operační paměti. Zpracování snímků na jediném stroji (byť dostatečně dimenzovaném) není příliš vhodné. Při využití distribuované výpočetní infrastruktury je možné výpočty provádět na větším počtu slabších strojů a dobu výpočtu lze výrazně zkrátit. Při prvních experimentech v distribuovaném prostředí jsme ověřili, že zpracování snímků mikroskopu touto cestou je možné. Bude však zapotřebí dalšího vývoje, abychom využili plného potenciálu, který distribuované výpočty přináší.
Související projekty: