MicroRNA isolation and stability in stored RNA samples

• Autoři: MRÁZ Marek; MALINOVÁ Karla; MAYER Jiří; POSPÍŠILOVÁ Šárka
• Rok publikování: 2009
• Druh: Článek v odborném periodiku
• Časopis / Zdroj: Biochem Biophys Res Commun
• Fakulta / Pracoviště MU: Lékařská fakulta
• Obor: Onkologie a hematologie
• Klíčová slova: miRNA isolation; MiRNA stability; miRNA cDNA stability
• Popis: MicroRNA (miRNA) jsou krátké molekuly RNA, které plní funkci post-transkripčních regulátorů genové exprese a ovlivňují tak významným způsobem buněčnou fyziologii. Mnoho autorů se zaměřilo na analýzu exprese miRNA ve fyziologických i patologických procesech, ale zároveň se objevilo množství technických problémů a stabilita miRNA ve vzorcích byla diskutována. Použití robustní metody pro izolaci RNA má zásadní vliv na reprodukovatelnost výsledků a nestabilita miRNA v dlouhodobě skladovaných vzorcích by velmi komplikovala expresní studie. Studovali jsme stabilitu miRNA (RNA na 80C) izolovaných z B lymfocytů (klinické vzorky chronické lymfocytární leukémie) běžně užívanou metodou založenou na extrakci Trizolem/TRI Reagentem. Za účelem stanovení stability miRNA jsme pomocí Real Time PCR provedli analýzu exprese 29 miRNA z čerstvě izolovaných vzorků a vzorků po 14 denním skladování při 80 C. Analýzu exprese miRNA jsme opakovaně prováděli po dobu 10 měsícu. Pozorovali jsme vysokou stabilitu miRNA, stejně jako cDNA. Reprodukovatelnost a účinnost izolace založené na Trizolu/TRI Reagentu byly srovnány s dalšími postupy mirVana Isolation kitem (Ambion) a RNeasy kitem (Qiagen). Naše výsledky ukazují, že izolace založená na Trizolu/TRI Reagentu je robustní reprodukovatelná metoda a vzorky izolované tímto postupem nevykazují při vhodném skladování a manipulaci tendenci k degradaci.

Související projekty

• Funkční a molekulární charakteristiky nádorových a normálních kmenových buněk - identifikace cílů pro nová terapeutika a terapeutické strategie