Informace o publikaci

FastGrid -- The Accelerated AutoGrid Potential Maps Generation for Molecular Docking

Název česky FastGrid -- akcelerované generování AutoGrid map pro molekulový docking
Autoři

OLŠÁK Marek FILIPOVIČ Jiří PROKOP Martin

Druh Článek v odborném periodiku
Časopis / Zdroj Computing and Informatics
Fakulta / Pracoviště MU

Fakulta informatiky

Citace
Obor Informatika
Klíčová slova acceleration; GPU; CUDA; AutoDock; AutoGrid
Popis Balík AutoDock je široce používaný software pro molekulové dokování. Skládá ze ze dvou hlavních programů -- AutoGridu pro předpočítání potenciálových gridových map a AutoDocku pro dokování do těchto map. V tomto článku prezentujeme akceleraci generování potenciálových map založenou na AutoGridu a její implementaci jménem FastGrid. Nejnáročnější výpočty jsou akcelerovány pomocí GPU, zbytek běží na CPU s nižší asymptotickou složitostí, které bylo dosaženo použitím sofistikovanějších datových struktur než v originálním AutoGridu. CPU implmentace je navíc paralelizována, aby dokázala využít stroje které mají více CPU jader než GPU. Naše implementace překonává originální AutoGrid více než 400x pro velké, ale ještě běřné molekuly a dostatečně velké mřížky.
Související projekty: