Dmitriy Chudakov, Ph.D., DSc.

2015

• MiXCR: software for comprehensive adaptive immunity profilig

  BOLOTIN Dmitry POSLAVSKY Stanislav MITROPHANOV Igor SHUGAY Mikhail MAMEDOV Ilgar Z. PUTINTSEVA Ekaterina V. CHUDAKOV Dmitriy

  Článek v odborném periodiku

  Nature Methods, rok: 2015, ročník: 12, vydání: 5, DOI

• Quantitative Profiling of Immune Repertoires for Minor Lymphocyte Counts Using Unique Molecular Identifiers

  EGOROV Evgeny S. MERZLYAK Ekaterina M. SHELENKOV Andrew A. BRITANOVA Olga V. SHARONOV George V. STAROVEROV Dmitriy B. BOLOTIN Dmitriy A. DAVYDOV Alexey Nikolayevich BARSOVA Ekaterina LEBEDEV Yuriy B. SHUGAY Mikhail CHUDAKOV Dmitriy

  Článek v odborném periodiku

  Journal of immunology, rok: 2015, ročník: 194, vydání: 12, DOI

• Sequencing rare T-cell populations

  SHUGAY Mikhail LUKYANOV Sergey CHUDAKOV Dmitriy

  Článek v odborném periodiku

  Oncotarget, rok: 2015, ročník: 6, vydání: 37, DOI

• tcR: an R package for T cell receptor repertoire advanced data analysis

  NAZAROV Vadim I. POGORELYY Mikhail V. KOMECH Ekaterina A. ZVYAGIN Ivan V. BOLOTIN Dmitry SHUGAY Mikhail CHUDAKOV Dmitriy LEBEDEV Yury B. MAMEDOV Ilgar Z.

  Článek v odborném periodiku

  BMC Bioinformatics, rok: 2015, ročník: 16, vydání: May, DOI

• VDJtools: Unifying post-analysis of T cell receptor repertoires

  SHUGAY Mikhail BAGAEV Dimitriy V. TURCHANINOVA Maria A. BOLOTIN Dmitry BRITANOVA Olga PUTINTSEVA Ekaterina V. POGORELYY Mikhail V. NAZAROV Vadim I. ZVYAGIN Ivan V. KIRGIZOVA Vitalina I. KIRGIZOV Kirill I. SKOROBOGATOVA Elena V. CHUDAKOV Dmitriy

  Článek v odborném periodiku

  PLOS Computational Biology, rok: 2015, ročník: 11, vydání: 11, DOI

2014

• Age-Related Decrease in TCR Repertoire Diversity Measured with Deep and Normalized Sequence Profiling

  BRITANOVA O.V. PUTINTSEVA E.V. SHUGAY M. MERZLYAK E.M. TURCHANINOVA M.A. STAROVEROV D.B. BOLOTIN D.A. LUKYANOV S. BOGDANOVA E.A. MAMEDOV I.Z. LEBEDEV Y.B. CHUDAKOV Dmitriy

  Článek v odborném periodiku

  Journal of immunology, rok: 2014, ročník: 192, vydání: 6, DOI

• Towards error-free profiling of immune repertoires

  SHUGAY M. BRITANOVA O.V. MERZLYAK E.M. TURCHANINOVA M.A. MAMEDOV I.Z. TUGANBAEV T.R. BOLOTIN D.A. STAROVEROV D.B. PUTINTSEVA E.V. PLEVOVÁ Karla LINNEMANN C. SHAGIN D. POSPÍŠILOVÁ Šárka LUKYANOV S. SCHUMACHER T.N. CHUDAKOV Dmitriy

  Článek v odborném periodiku

  Nature Methods, rok: 2014, ročník: 11, vydání: 6, DOI

2013

• Huge overlap of individual TCR beta repertoires

  SHUGAY M. BOLOTIN D. PUTINTSEVA E. POGORELYY M. MAMEDOV I. CHUDAKOV Dmitriy

  Článek v odborném periodiku

  Frontiers in Immunology, rok: 2013, ročník: 4, vydání: Dec, DOI

• MiTCR: software for T cell receptor sequencing data analysis

  BOLOTIN DA SHUGAY M. MAMEDOV IZ PUTINTSEVA EV TURCHANINOVA MA ZVYAGIN I. BRITANOVA Olga CHUDAKOV Dmitriy

  Článek v odborném periodiku

  Nature Methods, rok: 2013, ročník: 10, vydání: 9, DOI

• Mother and child T cell receptor repertoires: deep profiling study

  PUTINTSEVA E. BRITANOVA Olga STAROVEROV D. MERZLYAK E. TURCHANINOVA M. SHUGAY M. BOLOTIN D. POGORELYY M. MAMEDOV I. BOBRYNINA V. MASCHAN M. LEBEDEV Y. CHUDAKOV Dmitriy

  Článek v odborném periodiku

  Frontiers in Immunology, rok: 2013, ročník: 4, vydání: Dec, DOI