Informace o projektu

Rostlinné transpozony a konformace DNA

Logo poskytovatele
Kód projektu
GA15-02891S
Období řešení
1/2015 - 12/2017
Investor / Programový rámec / typ projektu
Grantová agentura ČR
Fakulta / Pracoviště MU
Fakulta informatiky
Spolupracující organizace
Akademie věd České republiky

Transpozony jsou významnou součástí rostlinných genomů ovlivňující jejich fungování i evoluci. U některých druhů tvoří až 90% genomu. Transpozony obsahují důležité regulační oblasti, o nichž bylo nedávno zjištěno, že obsahují sekvence schopné tvořit vícevláknové konformace DNA - kvadruplexy a triplexy. V rámci navrhovaného projektu budeme podrobně studovat výskyt kvadruplexů v hlavních rodinách transpozonů (u LTR- a nonLTR retrotranspozonů) u osekvenovaných druhů rostlin. Schopnost vybraných sekvencí tvořit kvadruplexy budeme ověřovat pomocí cirkulárního dichroismu. V kvasinkách a poté i v Arabidopsis thaliana budeme sledovat vliv transpozonových kvadruplexů na expresi reportérového genu a na aktivitu transpozonů. Protože kvadruplexy a triplexy ovlivňují rekombinaci DNA, budeme sledovat jak jejich výskyt v transpozonech souvisí s umístěním transpozonů v genomu, zejména v oblastech se sníženou rekombinací nebo bez rekombinace (například chromosom Y). Naše výsledky přispějí k pochopení úlohy neobvyklých konformací DNA v životním cyklu transpozonů i jejich dopadu na rostlinný genom.

Publikace

Počet publikací: 5