Informace o publikaci

Cross-platform Data Analysis Reveals a Generic Gene Expression Signature for Microsatellite Instability in Colorectal Cancer

Autoři

PAČÍNKOVÁ Anna POPOVICI Vlad

Druh Článek v odborném periodiku
Časopis / Zdroj Biomed Research International
Fakulta / Pracoviště MU

Fakulta informatiky

Citace
www https://www.hindawi.com/journals/bmri/2019/6763596/
Doi http://dx.doi.org/10.1155/2019/6763596
Klíčová slova genomic signature; colorectal cancer; cross-platform analysis; microsatellite instability
Popis Mikrosatelitová nestabilita (microsatellite instability, MSI) je výsledkem dysfunkce systému pro opravu párování DNA (DNA mismatch repair system). MSI hraje ústřední roli ve vývoji mnoha lidských nádorových onemocněních. U karcinomu tlustého střeva, i když je spojován s rezistencí na léčbu 5-fluorouracilem, je MSI příznivým prognostickým markerem. U karcinomů žaludku a endometria není jeho prognostická hodnota tak dobře prokázána. Nicméně rozpoznávání nádorů s MSI může být důležité pro predikci terapeutického účinku imunoterapie. Na mikročipových datasetech již bylo identifikováno několik genových expresních profilů, aby bylo možné porozumět regulačním mechanismům, které jsou základem mikrosatelitové nestability u kolorektálního karcinomu. V současné době existuje veliké množství datasetů genové exprese měřené pomocí mikročipových expreimentů. RNA-seq technologie se však stala rutinou pro transkripční analýzu. Nový MSI genový expresní profil, který je zde publikován, je první, který je funkční na dvou různých platformách, mikročipech a RNA-seq. V případě karcinomu tlustého střeva byla jeho odhadovaná přesnost (i) AUC = 0,94, 95% IS = (0,90 - 0,97) na RNA-seq a (ii) AUC = 0,95, 95% IS = (0,92 - 0,97) na mikročipech. Expresní profil obsahující 25 genů byl také validován na dvou nezávislých mikročipových datasetech karcinomu tlustého střeva. Navzdory tomu, že se jedná o MSI genový expresní profil karcinomu tlustého střeva a konečníku, zachoval si vysokou přesnost také u RNA-seq datasetu karcinomu žaludku a mikročipového datasetu karcinomu žaludku (AUC = 0,90, 95% IS = (0,85 - 0,94) a AUC = 0,83, 95% IS = (0,69 - 0,97) , resp.). Kromě toho si tento klasifikátor zachoval vysokou přesnost i při klasifikaci RNA-seq datasetu karcinomu endometria (AUC = 0,71, 95% IS = (0,62 - 0,81). Tyto výsledky ukazují, že nový genový expresní profil byl schopen odstranit rozdíly specifické pro danou platformu a současně si zachoval základní biologické rozdíly mezi fenotypy MSI / MSS u vzorků karcinomu tlustého střeva.
Související projekty: