Mgr. Aleš Křenek, Ph.D.

2021

• Complex simulation workflows in containerized high-performance environment

  VIŠŇOVSKÝ Vladimír SPIŠAKOVÁ Viktória HOZZOVÁ Jana OĽHA Jaroslav TRAPL Dalibor SPIWOK Vojtěch HEJTMÁNEK Lukáš KŘENEK Aleš

  Článek ve sborníku

  Proc. ESM 2021, rok: 2021

• Similarity Search for an Extreme Application: Experience and Implementation

  MÍČ Vladimír RAČEK Tomáš KŘENEK Aleš ZEZULA Pavel

  Článek ve sborníku

  Similarity Search and Applications: 14th International Conference, SISAP 2021, Dortmund, Germany, September 29 - October 1, 2021, Proceedings, rok: 2021

2020

• Exploring Protein Folding Space with Neural Network Guided Simulations

  KŘENEK Aleš HOZZOVÁ Jana OĽHA Jaroslav TRAPL Dalibor SPIWOK Vojtěch

  Článek ve sborníku

  MODELLING AND SIMULATION 2020, rok: 2020

2019

• West-Life: A Virtual Research Environment for structural biology

  MORRIS Chris ANDREETTO Paolo BANCI Lucia BONVIN Alexandre M J J CHOJNOWSKI Grzegorz CANO Laura del CARAZO José Maria CONESA Pablo DAENKE Susan DAMASKOS George GIACHETTI Andrea HALEY Natalie E C HEKKELMAN Maarten L HEUSER Philipp JOOSTEN Robbie P KOUŘIL Daniel KŘENEK Aleš KULHÁNEK Tomáš LAMZIN Victor S NADZIRIN Nurul PERRAKIS Anastassis ROSATO Antonio SANDERSON Fiona SEGURA Joan SCHAARSCHMIDT Joerg SOBOLEV Egor TRALDI Sergio TRELLET Mikael E VELANKAR Sameer VERLATO Marco WINN Martyn

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Structural Biology: X, rok: 2019, ročník: 1, vydání: January - March 2019, DOI

2018

• Acceleration of Mean Square Distance Calculations with Floating Close Structure in Metadynamics Simulations

  PAZÚRIKOVÁ Jana OĽHA Jaroslav KŘENEK Aleš SPIWOK Vojtěch

  Výzkumná zpráva

  Rok: 2018

2017

• Identification of "BRAF-Positive" Cases Based on Whole-Slide Image Analysis

  POPOVICI Vlad KŘENEK Aleš BUDINSKÁ Eva

  Článek v odborném periodiku

  Biomed Research International, rok: 2017, ročník: Neuveden, vydání: April, DOI

• Reducing the number of mean-square deviation calculations with floating close structure in metadynamics

  PAZÚRIKOVÁ Jana KŘENEK Aleš SPIWOK Vojtěch ŠIMKOVÁ Mária

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Chemical Physics, rok: 2017, ročník: 146, vydání: 11, DOI

2016

• Accelerated RMSD Calculation for Molecular Metadynamics

  FILIPOVIČ Jiří PAZÚRIKOVÁ Jana KŘENEK Aleš SPIWOK Vojtěch

  Článek ve sborníku

  Proceedings of the 2016 European Simulation and Modelling Conference, rok: 2016

• Direct SAXS Curve Fitting with an Ensable of Conformations

  KŘENEK Aleš RAČEK Tomáš PAZÚRIKOVÁ Jana

  Další prezentace na konferencích

  Rok: 2016, druh: Další prezentace na konferencích

• Guided Optimization Method for Fast and Accurate Atomic Charges Computation

  PAZÚRIKOVÁ Jana KŘENEK Aleš MATYSKA Luděk

  Článek ve sborníku

  Proceedings of the 2016 European Simulation and Modelling Conference, rok: 2016