Informace o publikaci

CaverDock: A Novel Method for the Fast Analysis of Ligand Transport

Název česky CaverDock: nová metoda pro rychlou analýzu transportu ligandu
Autoři

FILIPOVIČ Jiří VÁVRA Ondřej PLHÁK Jan BEDNÁŘ David MARQUES Sérgio Manuel BREZOVSKÝ Jan MATYSKA Luděk DAMBORSKÝ Jiří

Druh Článek v odborném periodiku
Časopis / Zdroj IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics
Fakulta / Pracoviště MU

Ústav výpočetní techniky

Citace
WWW https://ieeexplore.ieee.org/document/8674575
Doi http://dx.doi.org/10.1109/TCBB.2019.2907492
Klíčová slova molecular docking; tunnel analysis; ligand transport; drug design; numerical optimization; restrained force field; volume discretization
Popis Prezentujeme novou metodu pro analýzu transportních procesů v proteinech a její implementaci jménem CaverDock. Naše metoda je založena na modifikovaném algoritmu molekulového dokingu. Metoda spočívá v iterativním umísťování ligandu v přístupovém tunelu tak, že je pohyb ligandu souvislý a jeho energie minimalizovaná. Výsledkem výpočtu CaverDocku je trajektorie ligandu a energetický profil jeho transportu. CaverDock využívá modifikovaný program pro doking AutoDock Vina a implementuje paralelní heuristický algoritmus pro prohledávání prostoru možných trajektorií. Naše metoda leží mezi geometrickými přístupy a molekulovou dynamikou. Na rozdíl od geometrických metod poskytuje chemické síly. Je nicméně méně výpočetně náročná a jednodušší k nastavení než simulace založené na molekulové dynamice. CaverDock najde široké využití v oblasti výpočetní enzymologie, návrhu léčiv a proteinového inženýrství. Software je k dispozici zdarma pro akademické účely na https://loschmidt.chemi.muni.cz/caverdock/.
Související projekty: