Informace o publikaci
Computation of channels in protein dynamics
| Název česky | Výpočet tunelů v proteinové dynamice |
|---|---|
| Autoři | |
| Rok publikování | 2009 |
| Druh | Článek ve sborníku |
| Konference | Proceedings of the IADIS International Conference Applied Computing 2009 |
| Fakulta / Pracoviště MU | |
| Citace | |
| Obor | Informatika |
| Klíčová slova | channel; cluster analysis; protein molecule; protein dynamics |
| Popis | Při komplexních analýzách proteinů je potřeba rovněž analyzovat chování jednotlivých tunelů uvnitř molekuly. Pro výpočet tunelů ve statickém snímku existuje několik metod. Metoda, která by sledovala otevírání a zavírání tunelů v čase však zatím neexistovala. Tento článek rozebírá různé clusterovací metody, které jsou použity pro rozdělení tunelů spočítaných v jednotlivých snímcích dynamické sekvence do příslušných clusterů. Každý cluster potom představuje vývoj geometrie určitého tunelu v čase. Všechny clusterovací metody mohou využít tunely vypočítané libovolnou z metod pro statický výpočet tunelů. Při výpočtu se prochází jednotlivé snímky z proteinové dynamiky a tunely jsou počítány nezávisle v těchto snímcích. Clusterovací metody byly testovány na reálných datech a jejch výsledky jsou diskutovány včetně jejich hlavních výhod a nevýhod. |
| Související projekty: |