Informace o projektu
Objasnění významu dynamických tunelů pro enzymatickou katalýzu: simulace a fluorescenční experimenty
- Kód projektu
- GA16-06096S
- Období řešení
- 1/2016 - 12/2018
- Investor / Programový rámec / typ projektu
-
Grantová agentura ČR
- Standardní projekty
- Fakulta / Pracoviště MU
- Přírodovědecká fakulta
- Spolupracující organizace
-
Ústav fyzikální chemie J. Heyrovského AV ČR, v. v. i.
Enzymy jsou velmi účinné a specifické přírodní katalyzátory. Jejich aktivní místa jsou často pohřbena
uvnitř jejich středu a spojeny se solventem skrze transportní cesty – tunely. Geometrie,
fyzykálně-chemické vlastnosti a dynamika tunelů určuje rychlost, s jakou se vyměňují ligandy mezi
aktivním místem a solventem. Tento proces často limituje celkovou účinnost katalýzy. Cílem projektu je
zavést nové metody ke studiu vlastností a dynamiky tunelů relevantních pro funkci enzymů. V rámci
řešení projektu nejprve připravíme sadu simulací molekulové dynamiky enzymů, pro které jsou
relevantní tunely známé. Následně vyvineme automatický postup a software schopný efektivně
analyzovat dynamiku tunelů, které použijeme k analýze široké škály enzymů. Za účelem další validace
postupu, vytvoříme nové fluorescenční techniky vhodné ke studiu relevance a dynamiky tunelů. Tyto
analýzy rozšíří naše znalosti o vlastnostech tunelů, které řídí transportní procesy v enzymech.
Shromážděné příklady umožní další výzkum zabývající se významem tunelů pro proteinové inženýrství a vývoj inhibitorů.
Publikace
Počet publikací: 14
2017
-
FireProt: Web Server for Automated Design of Thermostable Proteins
Nucleic Acids Research, rok: 2017, ročník: 45, vydání: W1, DOI
-
Structure-function Relationships and Engineering of Haloalkane Dehalogenases.
HANDBOOK OF HYDROCARBON AND LIPID MICROBIOLOGY SERIES. AEROBIC UTILIZATION OF HYDROCARBONS, OILS, AND LIPIDS, rok: 2017, počet stran: 21 s.
2016
-
Engineering a de Novo Transport Tunnel
ACS Catalysis, rok: 2016, ročník: 6, vydání: 11, DOI
-
HotSpot Wizard 2.0: Automated Design of Site-Specific Mutations and Smart Libraries in Protein Engineering
Nucleic Acids Research, rok: 2016, ročník: 44, vydání: W1, DOI