CAVER 2.1

• Autoři: BENEŠ Petr; KOZLÍKOVÁ Barbora; STRNAD Ondřej; ŠUSTR Vilém; CHOVANCOVÁ Eva; PAVELKA Antonín; BREZOVSKÝ Jan; SZABÓ Tibor; ZAMBORSKÝ Matúš; SOCHOR Jiří; DAMBORSKÝ Jiří; BIEDERMANNOVÁ Lada
• Rok publikování: 2010
• Druh: Software
• Fakulta / Pracoviště MU: Fakulta informatiky
• www: http://decibel.fi.muni.cz/caver/
• Popis: CAVER algoritmus umožňuje plně automatizovaný výpočet takzvaných tunelů v molekulách proteinů. Výpočet probíhá jak na statických datech, tak na sekvencích molekulové dynamiky, kdy dochází k automatické detekci daného tunelu v jednotlivých snímcích. CAVER je dostupný jako zásuvný modul pro program PyMOL nebo jako součást aplikace CAVER Viewer. Ta se věnujekromě jiného zejména vizualizaci spočtených tunelů a pomocí různých funkcí umožňuje následnou analýzu takovýchto tunelů. CAVER Viewer je možné získat jako samostatnou aplikaci nebo ve formě Java Web Start na stránkách projektu.

Související projekty

• Interakce mezi chemickými látkami, prostředím a biologickými systémy a jejich důsledky na globální , regionální a lokální úrovni
• Nové přístupy v elektrochemické analýze nukleových kyselin a oligonukleotidů zaměřené na ultrasensitivní mikrodetekci DNA a detekci DNA hybridizace
• Centrum biokatalýzy a biotransformací
• Vizualice proteinových struktur
• Posílení zapojení studentů Fakulty informatiky do mezinárodní vědecké komunity